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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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syd89522

木虫 (小有名气)

[求助] 请问如何用amber进行π-π相互作用的分析 已有4人参与

我想计算色氨酸和苯丙氨酸之间的π-π相互作用,请问这类作用的判据有哪些?需要用什么命令?如何来编写脚本文件呢?
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走自己的路,让别人说去吧~不以物喜,不以己悲
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denny_2016

新虫 (初入文坛)

★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 感谢指导 2014-01-12 09:21:05
syd89522(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流! 2014-05-31 21:35:37
你考虑用经典力场来进行pi-pi堆积的计算,这个出发点就错了
2楼2014-01-08 20:09:34
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syd89522

木虫 (小有名气)

送红花一朵
我用其他的方法试试吧,谢谢!
走自己的路,让别人说去吧~不以物喜,不以己悲
3楼2014-01-09 10:58:52
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polypro

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-01-09 19:29:56
syd89522: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-01-13 08:22:26
syd89522(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流! 2014-05-31 21:35:47
台湾大学的黃慶怡教授有做方面的研究,pi-pi的计算不是很简单的。
泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
4楼2014-01-09 14:52:34
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-12 09:21:34
syd89522: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-01-13 08:22:47
syd89522(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流! 2014-05-31 21:35:53
经典力场也是考虑了pi-pi作用的,具体怎么分析要看体系

比如判断两个平面基团之间的夹角

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
5楼2014-01-09 22:06:06
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倩430

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-12 09:22:10
syd89522: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-01-13 08:23:00
一般派派的形成,是要考虑平面间的距离和平面间的夹角的,完整正平行的情况是很少见的,大多数都是slapped的。说的不对请指正。
6楼2014-01-10 08:53:57
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ningll10

新虫 (小有名气)


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-12 09:22:27
我之前是这样做的,第一,做出两个残基的RDF,就是径向分布,看他们之间的距离,然后把苯环之间的面面角给算出来,做一个分布,看看是不是平行或反平行为主
7楼2014-01-10 10:38:26
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caixin5120

木虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-12 09:22:44
syd89522: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-01-13 08:23:44
MD不能解决这样的问题,如果非要计算,则使用量化计算。
8楼2014-01-11 19:45:56
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