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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 做分子的兄弟姐妹们平时常用的设计分析软件都有哪些呢？给新手指点一下吧O(∩_∩)O
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西点6688

木虫 (正式写手)

[交流] 做分子的兄弟姐妹们平时常用的设计分析软件都有哪些呢？给新手指点一下吧O(∩_∩)O

因为相关的软件真的很多，想请教一下做分子的兄弟姐妹们平时常用的设计分析软件都有哪些呢？最好说一下优缺点和基本的作用，都来说说吧，交流一下O(∩_∩)O~~~给新手做些指点
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1楼 2011-07-09 10:51:25
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天使托

专家顾问 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
西点6688(金币+1): 恩，谢谢参与！ 2011-07-11 10:17:22
INVITROGEN NTI :引物设计
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2楼2011-07-09 15:32:18
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gwbk

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
dhd997(金币+6, EPI+1): 真是够辛苦，不给都不行，有没有兴趣做个专家。帮助一下大家嘛 2011-07-09 18:16:19
西点6688(金币+3): 很有参考价值，谢谢参与！O(∩_∩)O 2011-07-11 10:17:54
1，SAS，最新版本，9.2，超级大软件，10.5G：实验设计、数据分析、数据挖掘等功能强大。绝大多数期刊杂志都认可的数据分析软件，比我们常用的SPSS、Origin、Systat SigmaPlot强，支持编程。
最初接触这个软件是优化培养基配方，响应面方法中设计CCD、Box-Benhnken（BBD）实验，确实很强大。
2，Design Expert 8，个头很小，不到10M，实验设计简单易用。
3，正交设计助手II 3.1，专门做正交设计的。
4，DPS，国产软件，实验设计，数据分析，国内这方面的经典。
5，MatLab，这个，很牛的说,，生物信息学必备。
6，s-plus8：S 语言是由AT&T 贝尔实验室开发的一种用来进行数据探索、统计分析、作图的解释型语言。它的丰富的数据类型（向量、数组、列表、对象等）特别有利于实现新的统计算法，其交互式运行方式及强大的图形及交互图形功能使得我们可以方便的探索数据。
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3楼2011-07-09 16:03:32
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gwbk

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
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dhd997(金币+5): 这一楼支追加金币了，见谅了哦 2011-07-10 08:26:08
西点6688(金币+7): 正在学习，谢谢贡献~ 2011-12-01 17:54:44
7，引物设计软件primer 5和oligo7，我觉得primer6并不是5的升级，引物设计还是推荐用primer5。设计好的引物，在primer里只有分数值指的称道，其他方面的评估不够，比如引物发卡结构，引物错配、二聚体等显示不够明晰，而oligo正好弥补了这个缺陷。PS：结合使用更好。
8，Vector NTI，从标题上来看，这个软件是做载体，或者说是构建质粒的，其实这是一个综合软件，包括引物设计、Invitrogen载体库、凝胶模拟、Assemble、Alignment等，还支持蛋白质PDB数据，观看修改3D蛋白。类似的软件有Gene Construction Kit、win plas、simvector、bvplasmid、Noeclone、clonemanager等。推荐Vector NTI。
9，凝胶图像处理软件：Bandscan5、QuantityOne、Totallab120、Gelpro、ImageJ、Bandleader等。个人推荐QuantiyOne和Gelpro，可以很方便的模拟计算出条带的分子量、计算条带百含量分比等数据。totallab也比较强悍，但是网络上鲜有破解版本，如果老板有金子，还是购买这个Totallab吧~
10，DNAstar是一个综合软件，包含了7个模块：SeqBuilder - 可视化和序列编辑；SeqMan Pro - 序列集结和SNP发现；MegAlign - 序列组合；PrimerSelect - oligo primer 设计；Protean - 蛋白质结构分析和预测；GeneQuest - 基因查找；EditSeq - 导入特殊文件工具。我经常用到的是seqman，很不错的。现在版本已经更新到9。推荐。
11，BioEdit是一个序列编辑器与分析工具软件。功能包括：序列编辑、外挂分析程序、RNA分析、寻找特征序列、支持超过20000个序列的多序列文件、基本序列处理功能、质粒图绘制等。
12，DNAsis MAX：综合性低级结构分析软件，包括DNA、RNA、蛋白质分析等，有兴趣的虫子可以研究一下。平时我都用来做蛋白质序列比对的。
13，Clustal和Mega5：多重序列比对软件，全免费，Mega5可以做比较漂亮的进化树。同类软件：GeneDoc。
14，DNAMAN 是美国 Lynnon Biosoft 公司开发的高度集成化的分子生物学综合应用软件，可以用于多序列比对、PCR 引物设计、限制性酶切分析、质粒绘图、蛋白质分析等，几乎囊括了所有日常核酸、蛋白质序列的分析工作。
15，discovery studio，DS。DS目前的主要功能包括：蛋白质的表征、同源建模、X-ray分析、基于结构药物设计工具（包括配体-蛋白质相互作用、全新药物设计和分子对接）。DS可以观看PDB蛋白质三维结构数据，同时能够提供大量相关信息，如酶的活性位点、配体等。同类软件：Lammps、Gromacs、Amber、Namd、Materials Studio、gaussian等。推荐：DS，搞分子模拟的除外。~,^

还有好多很好用的软件，希望大家多多参与~
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4楼2011-07-09 20:37:17
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nickgai

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
那有没有人能总结一下，用于next generation sequencing的软件有哪些呢？s-plus可以用在next generation sequencing的分析上吗？
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6楼2013-01-05 11:36:24
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yxjkzyx68535楼
2012-01-18 17:23   回复  
西点6688: 金币+1 2012-04-28 16:10:24
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