应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 请问如何用amber进行π-π相互作用的分析
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
81/1返回列表
查看: 1692  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

syd89522

木虫 (小有名气)

[求助] 请问如何用amber进行π-π相互作用的分析 已有4人参与

我想计算色氨酸和苯丙氨酸之间的π-π相互作用，请问这类作用的判据有哪些？需要用什么命令？如何来编写脚本文件呢？
回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

syd89522

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
走自己的路，让别人说去吧~不以物喜，不以己悲
1楼 2013-12-11 16:53:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

denny_2016

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 感谢指导 2014-01-12 09:21:05
syd89522(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流！ 2014-05-31 21:35:37
你考虑用经典力场来进行pi-pi堆积的计算，这个出发点就错了
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2014-01-08 20:09:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

syd89522

木虫 (小有名气)
送红花一朵
我用其他的方法试试吧，谢谢！
赞一下 回复此楼
走自己的路，让别人说去吧~不以物喜，不以己悲
3楼2014-01-09 10:58:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

polypro

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-01-09 19:29:56
syd89522: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-01-13 08:22:26
syd89522(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流！ 2014-05-31 21:35:47
台湾大学的黃慶怡教授有做方面的研究，pi-pi的计算不是很简单的。
赞一下 回复此楼
泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
4楼2014-01-09 14:52:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-12 09:21:34
syd89522: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-01-13 08:22:47
syd89522(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流！ 2014-05-31 21:35:53
经典力场也是考虑了pi-pi作用的，具体怎么分析要看体系

比如判断两个平面基团之间的夹角

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
5楼2014-01-09 22:06:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

倩430

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-12 09:22:10
syd89522: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-01-13 08:23:00
一般派派的形成，是要考虑平面间的距离和平面间的夹角的，完整正平行的情况是很少见的，大多数都是slapped的。说的不对请指正。
赞一下 回复此楼
6楼2014-01-10 08:53:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ningll10

新虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-12 09:22:27
我之前是这样做的，第一，做出两个残基的RDF，就是径向分布，看他们之间的距离，然后把苯环之间的面面角给算出来，做一个分布，看看是不是平行或反平行为主
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2014-01-10 10:38:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caixin5120

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-12 09:22:44
syd89522: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-01-13 08:23:44
MD不能解决这样的问题，如果非要计算，则使用量化计算。
赞一下 回复此楼
8楼2014-01-11 19:45:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 syd89522 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 311求调剂 +20 zchqwer 2026-04-01 22/1100 2026-04-03 22:09 by lglzsd
[考研] 311（085601）求调剂 +15 liziyeyeye 2026-03-28 16/800 2026-04-03 21:43 by qlm5820
[考研] 344材料与化工调剂 +8 调剂上岸玘 2026-04-03 8/400 2026-04-03 21:38 by Demonsssss
[考研] 335求调剂 +7 沈清璃 2026-04-03 7/350 2026-04-03 18:55 by lijunpoly
[考研] 333求调剂 +9 wfh030413@ 2026-04-03 9/450 2026-04-03 14:20 by 啊俊！
[考研] 085600专硕材料与化工348分求调剂 +10 上学啦！ 2026-04-01 11/550 2026-04-03 14:13 by 百灵童888
[考研] 309求调剂 +4 刘刘刘1231 2026-04-02 5/250 2026-04-03 12:04 by 1753564080
[考研] 求调剂 +3 心想事成可 2026-04-03 3/150 2026-04-03 11:22 by wangjy2002
[考研] 260求调剂 +3 朱芷琳 2026-04-02 3/150 2026-04-03 08:44 by yulian1987
[考研] 求调剂 +5 朔朔话 2026-04-02 6/300 2026-04-02 22:02 by barlinike
[考研] 一志愿大工学硕，求调剂 +4 yub0811 2026-04-02 4/200 2026-04-02 21:36 by 百灵童888
[考研] 一志愿郑大材料工程290求调剂 +20 Youth_ 2026-03-30 20/1000 2026-04-02 14:48 by 5896
[考研] 085410 一志愿211 22408分数359求调剂 +3 123456789qw 2026-03-31 4/200 2026-04-02 00:06 by 义文wang
[考研] 279求调剂 +7 莫xiao 2026-04-01 7/350 2026-04-01 22:05 by 客尔美德
[考研] 求调剂0703 +5 周嘉尧 2026-03-31 8/400 2026-04-01 20:32 by ltltkkk
[考研] 265求调剂 +11 yelck 2026-04-01 12/600 2026-04-01 19:12 by 549790059
[考研] 调剂 +3 好好读书。 2026-04-01 3/150 2026-04-01 17:06 by zhouyuwinner
[考研] 085600，321分求调剂 +13 大馋小子 2026-03-31 13/650 2026-04-01 12:35 by chemdavid
[考研] 313求调剂 +6 卖个关子吧 2026-03-31 6/300 2026-03-31 10:58 by Jaylen.
[考研] 279求调剂 +4 蝶舞轻绕 2026-03-29 4/200 2026-03-29 09:45 by laoshidan
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭