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AMBER官网教程分析氢键脚本问题
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http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial3/section6.htm 在这个section里面的6.1.3.有一个分析氢键的脚本，里面有这么一句 acceptor mask :2-11,13-16,20@N :2-20@H 2-11,13-16,20@N看上文说是抛去backbone的PRO残基，这个可以理解，然后后面的那个:2-20@H，是什么？上文说是跟terminal相关的什么好像，但是没有看懂，放到自己的体系中的时候应当按照什么来改写呢？ 谢谢 |
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 amber |
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Sean2010
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这个ptraj script里面的#是用来区分不同段落的。 我建议楼主先去看下AmberTools 13 Reference Manual 里面关于Atom Mask Selection Syntax 的内容，这样就知道这些符号描述的是哪些residue上面的哪些原子了。 然后去看下ptraj里面的 Hydrogen bonding facility，不建议额外地再去看 cpptraj 了……两种分析工具大同小异，但是句法不同。 最后要搞清楚的就是在Amber 里面，氢键是怎么定义的，是哪三个原子，按照什么顺序的排列可以被认作氢键。 |
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