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亍寞

金虫 (小有名气)

[求助] AMBER官网教程分析氢键脚本问题

http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial3/section6.htm


在这个section里面的6.1.3.有一个分析氢键的脚本，里面有这么一句
acceptor mask  :2-11,13-16,20@N :2-20@H
2-11,13-16,20@N看上文说是抛去backbone的PRO残基，这个可以理解，然后后面的那个:2-20@H，是什么？上文说是跟terminal相关的什么好像，但是没有看懂，放到自己的体系中的时候应当按照什么来改写呢？

谢谢
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1楼 2013-12-06 12:02:30
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Sean2010

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-12-07 09:24:25
亍寞: 金币+10 2013-12-08 08:02:48
亍寞: 金币+15 2013-12-09 20:12:34
这个ptraj script里面的#是用来区分不同段落的。

我建议楼主先去看下AmberTools 13 Reference Manual 里面关于Atom Mask Selection Syntax 的内容，这样就知道这些符号描述的是哪些residue上面的哪些原子了。

然后去看下ptraj里面的 Hydrogen bonding facility，不建议额外地再去看 cpptraj 了……两种分析工具大同小异，但是句法不同。

最后要搞清楚的就是在Amber 里面，氢键是怎么定义的，是哪三个原子，按照什么顺序的排列可以被认作氢键。
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自强弘毅，求是拓新
2楼2013-12-06 23:07:36
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亍寞

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Sean2010 at 2013-12-06 23:07:36
这个ptraj script里面的#是用来区分不同段落的。

我建议楼主先去看下AmberTools 13 Reference Manual 里面关于Atom Mask Selection Syntax 的内容，这样就知道这些符号描述的是哪些residue上面的哪些原子了。

...

感谢回复....不过您说的这些咱大致是知道的，怎么描述原子，可是想求助的是:2-20@H这个的含义，在manual中查了一下，但是没找到相关的内容，可能是看漏了？还请指点此处
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3楼2013-12-08 08:02:39
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Sean2010

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-09 18:58:01
The 'acceptor mask' form of the acceptor command requires two masks (mask and maskH), one for the heavy atom and one for the corresponding hydrogen atom.

这是原文……
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自强弘毅，求是拓新
4楼2013-12-09 18:35:30
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亍寞

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by Sean2010 at 2013-12-09 18:35:30
The 'acceptor mask' form of the acceptor command requires two masks (mask and maskH), one for the heavy atom and one for the corresponding hydrogen atom.

这是原文……

不好意思！！！咱没说清。。。。咱想问，为什么要把1号去掉？为什么不是1-20而是2-20！
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5楼2013-12-09 20:11:01
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亍寞

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by Sean2010 at 2013-12-09 18:35:30
The 'acceptor mask' form of the acceptor command requires two masks (mask and maskH), one for the heavy atom and one for the corresponding hydrogen atom.

这是原文……

诶。。。。写出来之后自己突然觉得。。。。N末端的H。。。能成氢键么。。。好像明白了。。。。十分感谢！
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6楼2013-12-09 20:12:08
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qtpwrfs203
7楼2017-08-19 13:05:39
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