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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 蛋白之间相互作用的残基及作用力
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136zhangpong

新虫 (小有名气)

[求助] 蛋白之间相互作用的残基及作用力 已有1人参与

我用DOT2作了两个相同小蛋白分子对接，用ACE截断值6，取了前200个构象，用Pymol看了，发现有一些明显的簇，现在我要分析各个明显优势结构中相互作用的残基，主要是由什么静态作用力（范德华力，氢键之类的）。这个应该从何入手；我也是作动力学模拟的，对接软件用的是DOT2,MD模拟用的是amber，现在才出对接结果，动力学模拟还没开始，导师让我先对对接结果作深入的研究，主要看看它们之间相互作用的残基和静态作用力。大家有什么好的方法，希望不吝赐教。
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1楼 2014-03-17 11:36:24
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smutao

禁虫 (著名写手)
★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2014-03-19 20:45:22
本帖内容被屏蔽
4楼2014-03-19 19:18:41
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
136zhangpong: 金币+2, ★有帮助 2014-03-18 10:53:01
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-18 16:38:22
对接后，用pymol提取一下结果  分析
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2楼2014-03-17 19:09:19
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136zhangpong

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by longytu at 2014-03-17 19:09:19
对接后，用pymol提取一下结果  分析

非常感谢回答，用pymol是可以显示氢键，但有没有计算这些作用力大小的功能呢，而且我不仅要得到氢键相关信息，范德华力，静电力的作力力大小可能也要得到，有没有什么软件可以给出这方面的信息？
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3楼2014-03-18 11:36:56
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