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136zhangpong

新虫 (小有名气)

[求助] 蛋白之间相互作用的残基及作用力 已有1人参与

我用DOT2作了两个相同小蛋白分子对接,用ACE截断值6,取了前200个构象,用Pymol看了,发现有一些明显的簇,现在我要分析各个明显优势结构中相互作用的残基,主要是由什么静态作用力(范德华力,氢键之类的)。这个应该从何入手;我也是作动力学模拟的,对接软件用的是DOT2,MD模拟用的是amber,现在才出对接结果,动力学模拟还没开始,导师让我先对对接结果作深入的研究,主要看看它们之间相互作用的残基和静态作用力。大家有什么好的方法,希望不吝赐教。
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136zhangpong

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by longytu at 2014-03-17 19:09:19
对接后,用pymol提取一下结果  分析

非常感谢回答,用pymol是可以显示氢键,但有没有计算这些作用力大小的功能呢,而且我不仅要得到氢键相关信息,范德华力,静电力的作力力大小可能也要得到,有没有什么软件可以给出这方面的信息?
3楼2014-03-18 11:36:56
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
136zhangpong: 金币+2, 有帮助 2014-03-18 10:53:01
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-03-18 16:38:22
对接后,用pymol提取一下结果  分析
2楼2014-03-17 19:09:19
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smutao

禁虫 (著名写手)

★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2014-03-19 20:45:22
本帖内容被屏蔽

4楼2014-03-19 19:18:41
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