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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 相互作用力能否用高斯计算证明
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记忆微笑

新虫 (初入文坛)

[求助] 相互作用力能否用高斯计算证明

实验已经证实一个酶和底物之间有着很强的结合理，现在要通过计算为其提供理论依据，如果将两部分结合的残基进行优化，得到的稳定结构，那么通过这个稳定结构能否说他们之间的相互作用呢？
ps:酶与底物之间的相互作用力有：氢键，盐桥，疏水作用，范德华力、


要说明这两部分强的相互作用，还有别的什么办法么？
谢谢大家！
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1楼 2012-08-21 10:35:07
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dongshui22

金虫 (初入文坛)

二逼四品带刀护卫

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
分别单独优化酶和底物，算出其能量和；然后将酶和底物摆在合适的位置，优化得一稳定结构，算出其能量，两者能量差就是相互作用能
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2楼2012-08-21 11:30:13
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
★ ★ ★
gmy1990: 金币+3 2012-08-21 18:22:43
光从结构上很难说明什么。

图形化的研究方法见我以前小木虫上发的《使用Multiwfn图形化研究弱相互作用》一帖，可以看出范德华、氢键、盐桥的作用区域和强度。也可以考虑用probe程序可视化相互作用，见http://kinemage.biochem.duke.edu/software/probe.php

mmpbsa计算结合自由能各种成分并做能量分解也是常用研究方法，范德华、静电以及疏水作用能都可以算出来。
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3楼2012-08-21 15:20:47
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
不建议用高斯算，时间与效率考虑还是用分子力学的软件计算
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4楼2012-08-23 16:59:40
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飞行鸟

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
用分子力学的软件吧。效率相对要高一些。个人见解。
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快乐吧
5楼2012-08-23 22:01:22
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gujing136

禁虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

算结合能一般可以说明是不是比较稳定··
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叫老猫的兔子
6楼2012-08-24 18:27:25
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missducksong

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 飞行鸟 at 2012-08-23 22:01:22
用分子力学的软件吧。效率相对要高一些。个人见解。

前辈，麻烦问下，算这些弱相互作用的  使用哪个力学软件合适呢？
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.
7楼2014-04-20 22:31:26
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