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相互作用力能否用高斯计算证明
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实验已经证实一个酶和底物之间有着很强的结合理，现在要通过计算为其提供理论依据，如果将两部分结合的残基进行优化，得到的稳定结构，那么通过这个稳定结构能否说他们之间的相互作用呢？ ps:酶与底物之间的相互作用力有：氢键，盐桥，疏水作用，范德华力、 要说明这两部分强的相互作用，还有别的什么办法么？ 谢谢大家！ |
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sobereva
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gmy1990: 金币+3 2012-08-21 18:22:43
gmy1990: 金币+3 2012-08-21 18:22:43
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光从结构上很难说明什么。 图形化的研究方法见我以前小木虫上发的《使用Multiwfn图形化研究弱相互作用》一帖，可以看出范德华、氢键、盐桥的作用区域和强度。也可以考虑用probe程序可视化相互作用，见http://kinemage.biochem.duke.edu/software/probe.php mmpbsa计算结合自由能各种成分并做能量分解也是常用研究方法，范德华、静电以及疏水作用能都可以算出来。 |
3楼2012-08-21 15:20:47
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4楼2012-08-23 16:59:40
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5楼2012-08-23 22:01:22
