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jxzhao

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】高斯计算分子结合能

高斯在计算分子结合能的时候，比如A+B---AB 反应，用高斯分别计算A，B，AB的能量，再用AB的能量减去A和B的能量即为分子结合能，请问这么计算对吗？我怎么看有的文献说还需要校正啊？如果需要校正应该怎么校正？麻烦高手指点一下，谢谢！！
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1楼 2010-08-21 14:49:05
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gyli

木虫 (小有名气)

~~~~
★ ★
小红豆(金币+2):感谢交流 2010-08-22 10:32:16
jxzhao(金币+1):谢谢 2010-08-22 17:15:53
如果AB是弱相互作用体系 则需要BSSE校正
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Gravitation cannot be held responsible for people falling in love.
2楼2010-08-21 14:50:26
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jxzhao

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by gyli at 2010-08-21 14:50:26:
如果AB是弱相互作用体系 则需要BSSE校正

弱相互作用指什么作用？BSSE校正应该怎么进行？麻烦详细指点一下，谢谢！
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3楼2010-08-21 14:54:03
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lb1586551

铜虫 (小有名气)
★
小红豆(金币+1):感谢交流 2010-08-22 10:32:50
jxzhao(金币+1):谢谢 2010-08-22 17:16:25
引用回帖:
Originally posted by jxzhao at 2010-08-21 14:54:03:

弱相互作用指什么作用？BSSE校正应该怎么进行？麻烦详细指点一下，谢谢！

弱相互作用指Van Del Waal ineraction, hydrogen bond interaction, and so on
BBSE是指基组重叠误差
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4楼2010-08-21 19:45:39
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huying15

铜虫 (小有名气)
★ ★
小红豆(金币+2):感谢交流 2010-08-22 10:32:35
jxzhao(金币+2):非常感谢 2010-08-22 17:16:38
要计算A、B两个分子的相互作用能，在Gaussian03中使用Counterpoise=2关键字,　若计算n个分子，则关键字为counterpoise=n，所以双分子的相互作用能应该表述为E(interaction) = E(AB) - E(A) - E(B) + E(BSSE),E(BSSE)在out文件中可以得到
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5楼2010-08-22 10:01:25
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天下枫叶

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by huying15 at 2010-08-22 10:01:25:
要计算A、B两个分子的相互作用能，在Gaussian03中使用Counterpoise=2关键字,　若计算n个分子，则关键字为counterpoise=n，所以双分子的相互作用能应该表述为E(interaction) = E(AB) - E(A) - E(B) + E(BSSE),E(BS ...

你好，我现在想模拟一下环糊精与药物分子间的相互作用能，已构建好了两者模型，接下来该怎么操作啊，文献里见附件都好像有一个取向问题，本人菜鸟，希望指点，
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6楼2011-05-27 14:18:36
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huying15

铜虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
就是像文献上讲的那样，先定Z-轴，垂直环糊精的平面，环糊精三个糖苷氧的交点为Z-轴的中点，再把要对接的药物放在Z-轴上，给你发篇比较详细的
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7楼2011-05-29 10:47:53
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天下枫叶

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by huying15 at 2011-05-29 10:47:53:
就是像文献上讲的那样，先定Z-轴，垂直环糊精的平面，环糊精三个糖苷氧的交点为Z-轴的中点，再把要对接的药物放在Z-轴上，给你发篇比较详细的

你好，我是初学者，不会定Z轴啊，还有啊，我用的是window版本的，从chem3D里导入结构不计算，出现2070错误，是不是内存不够啊，希望你能把过程截下来，非常感谢啊!
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8楼2011-05-29 11:26:06
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wfmi

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
还想问下高斯计算的结合能和温度压力有关系么？如何计算指定温度和压力下的结合能呢？默认计算的结合能是什么条件下的呢？
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9楼2016-01-11 16:57:31
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