【讨论】如何计算两分子间的有效相互作用力 - 计算模拟

gredream

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2楼2008-11-29 17:51:54

gredream

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灯塔守望者(金币+2):很有价值的讨论

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3楼2008-12-02 20:57:11

yalefield

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灯塔守望者(金币+2):很有价值的讨论

这个题目在概念上有些不清楚的地方。
其实，如果说分子1整体和分子2整体的相互作用，那么这将是没完没了的一件事情。
因为，能够做的，是分子1的某个点与分子2的某个点的相互作用。
于是，问题来了：
分子1上的点，是什么意思？取点，取哪些点？那可以说是无穷多。
好了，就取分子1上的某个点吧，那么分子2上又可以取无穷多的点。

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4楼2008-12-02 21:54:29

gredream

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5楼2008-12-03 08:59:02

yalefield

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没做过，也不知道。
请问，点的概念是什么？分子中的点是什么意思？

如果是指原子或者原子核所在的位置，那就......

6楼2008-12-03 12:34:06

gredream

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7楼2008-12-03 14:37:00

yalefield

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那么，点就是有限的若干个了。

MD把原子看成球，这就成了双刃剑。

改进：
借助简单的MO理论或者VB理论，电子云不是球形的喽！

因此，可以把每个原子“分解”成两个“点”（或者更多的点），
新点的位置呢，比原来的原子核位置（原子坐标）稍微离开一些。
新点还有自己的Partial Charge。

这样的体系，比经典的MD是不是更好捏？

8楼2008-12-03 18:06:06

xuefei06

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引用回帖:

Originally posted by gredream at 2008-11-29 11:12:
m1-------m2

分子1，2，距离R，两分子都在水溶液里，当然还有其他相互作用势，比如电相互作用。

那么两者直接的有效相互作用力如何求？即分子1整体和分子2整体的相互作用？

有效相互作用，这个有效不是量 ...

MD计算相互作用，一般都是对相互作用，把两个分子上的原子对都遍历一遍，就可以求出两个分子间的相互作用力，也可以这个作用力当作分子几何中心或者质心受到力，这就是粗粒化的FM法的一个基本的思路。

9楼2008-12-03 19:25:47

yalefield

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粗就一个字......

10楼2008-12-03 21:39:17