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zyp_434金虫 (著名写手)
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怎么能用量子化学计算含氮杂环芳香化合物与水分子的相互作用 已有6人参与
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| 怎么能用量子化学计算含氮杂环芳香化合物与水分子的相互作用?氮原子与水应该可以形成氢键,怎么用量子化学软件,如ADF进行计算呢?不懂量子化学,求高手指点. |
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 计算 | 杂环化学 | 有用的 |
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zhou2009(金币+5): 2012-01-17 20:25:26
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zhou2009(金币+5): 2012-01-17 20:25:26
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搭个含氮芳香杂环，把一个水分子放到最可能的成氢键的位置上，做能量优化，即寻找两者成氢键的最佳构型，然后得到能量；再做同样的计算，分别计算杂环的能量，和水分子的能量；然后复合物能量减去两个单体的能量，就是H键能。 搭什么样的含氮杂环取决于你感兴趣的体系。为了加快计算，体系不能太大，选个有代表性的小分子模型，能够包含目标体系的基本特征即可； 除了计算氢键的几何构型，氢键能之外，还能计算振动光谱，电子光谱，能够以一定的精度解释实验结果；所以你必须有明确的问题，而不是泛泛地说对氢键感兴趣，而要说对氢键作用引起的什么现象或特征感兴趣。因为上面的计算都是假设一个分子在真空中，周围没有溶液环境。如果你的体系是在溶液中的且你的问题是与溶液体相性质直接决定的，那就需要使用隐式溶剂模型，甚至显式溶剂的分子动力学模拟。 |
2楼2012-01-17 12:44:28
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8楼2012-01-17 22:25:06
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