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zyp_434

金虫 (著名写手)

[交流] 怎么能用量子化学计算含氮杂环芳香化合物与水分子的相互作用 已有6人参与

怎么能用量子化学计算含氮杂环芳香化合物与水分子的相互作用?氮原子与水应该可以形成氢键,怎么用量子化学软件,如ADF进行计算呢?不懂量子化学,求高手指点.
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)


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zhou2009(金币+5): 2012-01-17 20:25:26
搭个含氮芳香杂环,把一个水分子放到最可能的成氢键的位置上,做能量优化,即寻找两者成氢键的最佳构型,然后得到能量;再做同样的计算,分别计算杂环的能量,和水分子的能量;然后复合物能量减去两个单体的能量,就是H键能。

搭什么样的含氮杂环取决于你感兴趣的体系。为了加快计算,体系不能太大,选个有代表性的小分子模型,能够包含目标体系的基本特征即可;

除了计算氢键的几何构型,氢键能之外,还能计算振动光谱,电子光谱,能够以一定的精度解释实验结果;所以你必须有明确的问题,而不是泛泛地说对氢键感兴趣,而要说对氢键作用引起的什么现象或特征感兴趣。因为上面的计算都是假设一个分子在真空中,周围没有溶液环境。如果你的体系是在溶液中的且你的问题是与溶液体相性质直接决定的,那就需要使用隐式溶剂模型,甚至显式溶剂的分子动力学模拟。
2楼2012-01-17 12:44:28
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zyp_434

金虫 (著名写手)

平平安安做实验,快快乐乐做学问!
8楼2012-01-17 22:25:06
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yoghurt117

木虫 (正式写手)

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zhou2009(金币+3): 2012-01-17 20:26:02
如果有很多可能的位点的话,你输入文件得把水分子放在可能形成的位点上多做些输入文件,因为优化的话可能最后结果是势能面的局部最小,而哪个是最可能的位点一般要通过比较相互作用能来判断

另外,如果你用高斯计算的话,优化的时候可以先用半经验am1方法试试,这个方法快些,然后再用高斯基组优化,这样子优化比较快

adf没用过,不熟悉
I am 废Man! 把握住每一刻才是最重要的!
3楼2012-01-17 13:31:46
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zyp_434

金虫 (著名写手)

引用回帖:
: Originally posted by yoghurt117 at 2012-01-17 13:31:46:
如果有很多可能的位点的话,你输入文件得把水分子放在可能形成的位点上多做些输入文件,因为优化的话可能最后结果是势能面的局部最小,而哪个是最可能的位点一般要通过比较相互作用能来判断

另外,如果你用高斯 ...

只含有一两个的氮原子芳香化合物,因为我们学校有ADF的版权,所以想着用这个软件.
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4楼2012-01-17 19:21:33
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zyp_434

金虫 (著名写手)

引用回帖:
: Originally posted by ChemiAndy at 2012-01-17 12:44:28:
搭个含氮芳香杂环,把一个水分子放到最可能的成氢键的位置上,做能量优化,即寻找两者成氢键的最佳构型,然后得到能量;再做同样的计算,分别计算杂环的能量,和水分子的能量;然后复合物能量减去两个单体的能量, ...

谢谢!计算速度不是问题,可以上传到学校的大型计算机计算.关键是没有做过计算化学的东西,需要向您多请教.
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5楼2012-01-17 19:26:19
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zyp_434

金虫 (著名写手)

高手来指点指点
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6楼2012-01-17 19:26:39
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yoghurt117

木虫 (正式写手)

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小红豆(金币+5): 谢谢 2012-01-21 17:28:03
可以用gamess或者wingamess软件来做啊,都免费的软件,结合mcmolplt也不难的
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7楼2012-01-17 21:00:22
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dxyan

木虫 (正式写手)


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引用回帖:
2楼: Originally posted by ChemiAndy at 2012-01-17 12:44:28:
搭个含氮芳香杂环,把一个水分子放到最可能的成氢键的位置上,做能量优化,即寻找两者成氢键的最佳构型,然后得到能量;再做同样的计算,分别计算杂环的能量,和水分子的能量;然后复合物能量减去两个单体的能量, ...

说的很清楚,学习啦.
9楼2012-01-18 17:41:39
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yoghurt117

木虫 (正式写手)

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小红豆(金币+5): 谢谢 2012-01-21 17:28:49
放在水里的话那就是得在计算的时候加入溶剂化的模型来计算了,但是可能会非常费时的
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10楼2012-01-18 22:15:47
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