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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 请大家指点如何做两化合物的相互作用？
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liujkbenben

银虫 (小有名气)

[求助] 请大家指点如何做两化合物的相互作用？

将化合物1和化合物2分别用B3LYP进行了构型优化，优化好的构型用chem3D调好距离和位置，再用GaussianView存为gjf文件，这个gif文件要改哪些参数呢？请大家指点？
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1楼 2011-04-19 21:32:22
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daiyulan85

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

liujkbenben(金币+1): 2011-04-20 18:22:45
那得看你的那个距离，以及物质本身的性质。不过按理说，你要是做个优化什么的，文件的参数应该不用改动。只是看选什么方法。
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计算化学光谱
2楼2011-04-19 22:12:28
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liujkbenben

银虫 (小有名气)
问一下，在机组和关键词那一行要不要加上counterpoise=2，电荷和自旋多重度那里填的是两个化合物放在一起总的电荷，总的自旋多重度，还是要分别列出化合物1和化合物2的？
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3楼2011-04-19 22:49:28
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daiyulan85

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
zhou2009(金币+1): 2011-04-21 08:49:39
引用回帖:
Originally posted by liujkbenben at 2011-04-19 22:49:28:
问一下，在机组和关键词那一行要不要加上counterpoise=2，电荷和自旋多重度那里填的是两个化合物放在一起总的电荷，总的自旋多重度，还是要分别列出化合物1和化合物2的？

counterpoise=2没有用过，用gjf文件中自动生成的电荷，自旋多重度就行，不用自己添加。
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计算化学光谱
4楼2011-04-20 21:41:03
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vanghaitao

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
zhou2009(金币+3): 2011-04-21 08:50:08
引用回帖:
Originally posted by liujkbenben at 2011-04-19 21:32:22:
将化合物1和化合物2分别用B3LYP进行了构型优化，优化好的构型用chem3D调好距离和位置，再用GaussianView存为gjf文件，这个gif文件要改哪些参数呢？请大家指点？

B3LYP不能用于弱相互作用体系。改用DFT-D, M062x比较好, 分别在turbmole 和 G09里有。关于这两种泛函，请参考原始文献： S. Grimme, J. Comput. Chem., 2004, 25, 1463, (DFT-D);
10 Y. Zhao and D. G. Trublar, Theor. Chem. Acc., 2008, 120, 215 (M06).

counterpoise=2 是需要的，去除BSSE.
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创造新物质的工程
5楼2011-04-20 21:50:41
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zmcommon

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
zhou2009(金币+2): 2011-04-21 08:51:46
加counter=2可以进行bsse矫正，对优化的构型，能量，频率都有影响，要是体系不太大，建议加上。自旋多重度和电荷你可以写总的，也可以注上各个片段的，形式为1  0  或者1  0  1 0  1  0
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6楼2011-04-21 00:10:19
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boylc789

木虫 (著名写手)

独孤

【答案】应助回帖

如果用counter的话
我的体系过渡金属是六配位的，而五配位的过渡金属是3重态稳定，六配位单重态稳定，把一个配体分开用BSSE，那剩下的五配位的自旋多重度怎么考虑
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有种相遇叫缘分；有种责任叫承诺；有份心情叫思念；有种痛苦叫煎熬；有种后悔叫错过；有种等待叫守候。
7楼2011-04-21 13:07:00
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