24小时热门版块排行榜    

查看: 1283  |  回复: 6

liujkbenben

银虫 (小有名气)

[求助] 请大家指点如何做两化合物的相互作用?

将化合物1和化合物2分别用B3LYP进行了构型优化,优化好的构型用chem3D调好距离和位置,再用GaussianView存为gjf文件,这个gif文件要改哪些参数呢?请大家指点?
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

daiyulan85

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

liujkbenben(金币+1): 2011-04-20 18:22:45
那得看你的那个距离,以及物质本身的性质。不过按理说,你要是做个优化什么的,文件的参数应该不用改动。只是看选什么方法。
计算化学光谱
2楼2011-04-19 22:12:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liujkbenben

银虫 (小有名气)

问一下,在机组和关键词那一行要不要加上counterpoise=2,电荷和自旋多重度那里填的是两个化合物放在一起总的电荷,总的自旋多重度,还是要分别列出化合物1和化合物2的?
3楼2011-04-19 22:49:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

daiyulan85

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


zhou2009(金币+1): 2011-04-21 08:49:39
引用回帖:
Originally posted by liujkbenben at 2011-04-19 22:49:28:
问一下,在机组和关键词那一行要不要加上counterpoise=2,电荷和自旋多重度那里填的是两个化合物放在一起总的电荷,总的自旋多重度,还是要分别列出化合物1和化合物2的?

counterpoise=2没有用过,用gjf文件中自动生成的电荷,自旋多重度就行,不用自己添加。
计算化学光谱
4楼2011-04-20 21:41:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vanghaitao

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
zhou2009(金币+3): 2011-04-21 08:50:08
引用回帖:
Originally posted by liujkbenben at 2011-04-19 21:32:22:
将化合物1和化合物2分别用B3LYP进行了构型优化,优化好的构型用chem3D调好距离和位置,再用GaussianView存为gjf文件,这个gif文件要改哪些参数呢?请大家指点?

B3LYP不能用于弱相互作用体系。改用DFT-D, M062x比较好, 分别在turbmole 和 G09里有。关于这两种泛函,请参考原始文献: S. Grimme, J. Comput. Chem., 2004, 25, 1463, (DFT-D);
10 Y. Zhao and D. G. Trublar, Theor. Chem. Acc., 2008, 120, 215 (M06).

counterpoise=2 是需要的,去除BSSE.
创造新物质的工程
5楼2011-04-20 21:50:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zmcommon

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
zhou2009(金币+2): 2011-04-21 08:51:46
加counter=2可以进行bsse矫正,对优化的构型,能量,频率都有影响,要是体系不太大,建议加上。自旋多重度和电荷你可以写总的,也可以注上各个片段的,形式为1  0  或者1  0  1 0  1  0
6楼2011-04-21 00:10:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

boylc789

木虫 (著名写手)

独孤

【答案】应助回帖

如果用counter的话
我的体系过渡金属是六配位的,而五配位的过渡金属是3重态稳定,六配位单重态稳定,把一个配体分开用BSSE,那剩下的五配位的自旋多重度怎么考虑
有种相遇叫缘分;有种责任叫承诺;有份心情叫思念;有种痛苦叫煎熬;有种后悔叫错过;有种等待叫守候。
7楼2011-04-21 13:07:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 liujkbenben 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求调剂 +3 yunziaaaaa 2026-03-01 3/150 2026-03-01 21:45 by 王兆江
[考研] 26考研报考西工大材料308分求调剂 +3 weizhong123 2026-03-01 3/150 2026-03-01 21:42 by 公瑾逍遥
[考研] 292求调剂 +5 yhk_819 2026-02-28 5/250 2026-03-01 21:38 by 公瑾逍遥
[考研] 一志愿中南大学理学化学 +4 15779376950 2026-03-01 5/250 2026-03-01 19:00 by Fff-1
[考研] 272求调剂 +6 材紫有化 2026-02-28 6/300 2026-03-01 18:58 by 18137688336
[考研] 材料学调剂 +9 提神豆沙包 2026-02-28 11/550 2026-03-01 18:15 by ms629
[考研] 328求调剂 +3 aaadim 2026-03-01 5/250 2026-03-01 17:29 by njzyff
[考研] 化工专硕348,一志愿985求调剂 +5 弗格个 2026-02-28 8/400 2026-03-01 17:25 by sunny81
[考研] 0856材料求调剂 +4 麻辣鱿鱼 2026-02-28 4/200 2026-03-01 16:51 by caszguilin
[考研] 化工专硕342,一志愿大连理工大学,求调剂 +3 kyf化工 2026-02-28 4/200 2026-03-01 16:49 by yywzz
[考研] 311求调剂 +6 亭亭亭01 2026-03-01 6/300 2026-03-01 15:41 by 324616
[考研] 307求调剂 +5 wyyyqx 2026-03-01 5/250 2026-03-01 15:21 by Fff-1
[考研] 材料工程274求调剂 +3 Lilithan 2026-03-01 3/150 2026-03-01 14:58 by ms629
[考研] 303求调剂 +4 今夏不夏 2026-03-01 4/200 2026-03-01 14:46 by 嘟嘟小浣熊
[考研] 课题组接收材料类调剂研究生 +3 gaoxiaoniuma 2026-02-28 4/200 2026-03-01 14:30 by jjj三跨
[考研] 302材料工程求调剂 +4 Doleres 2026-03-01 5/250 2026-03-01 11:52 by liqiongjy
[考研] 调剂 +3 简木ChuFront 2026-02-28 3/150 2026-03-01 11:46 by 王伟要上岸啊
[考博] 博士自荐 +4 kkluvs 2026-02-28 4/200 2026-03-01 10:19 by 馥安馥安
[考研] 304求调剂 +3 52hz~~ 2026-02-28 5/250 2026-03-01 00:00 by 52hz~~
[高分子] 求环氧树脂研发1名 +3 孙xc 2026-02-25 11/550 2026-02-28 16:57 by ichall
信息提示
请填处理意见