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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gamess/Q-Chem » 请问我这个化合物该用什么方法计算，急！重奖！
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baiyuefei

版主 (文学泰斗)

风雪

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[求助] 请问我这个化合物该用什么方法计算，急！重奖！

有机单晶，DFT B3LYP with a 6-31G(d) basis set 计算优化了得到了构象和真实的单晶构象做比较，投了篇文章。分子内存在C-H…pi contact作用。

审稿人说分子如存在C-H…pi contact，就不能用这计算方法优化计算，具体信息如下。 我该怎么办呢？用什么方法计算啊？看了些文献可自己还是不知道怎么计算啊。非本专业麻烦各位大家帮我看看了
1 General methodology for QM calculations. Authors should give more insights in computational details. Was located minima confirmed by frequency calculations. Have they also done wave function stability calculations for optimized structures? If not those calculations have to be done in order to fully characterize located states.
Another suggestion on how to find the conformations closest to the X-ray conformations is to start from X-ray pdb structure and see how it will be optimized within QM.

2 Chosen level for calculations. Authors are paying attention to CH…pi , assuming that they are main forces stabilizing the compound ("The conformations of molecules investigated are determined mainly by hydrogen bonds and electrostatic interactions". Indeed C-H…pi contact is mainly established by dispersion forces rather than electrostatic [1]. From this point of view chosen DFT method is not the best choice to study those compounds. DFT has its limitations to describe dispersion interaction satisfactory and requires introduction of dispersion correction. That's probably why simplistic DFT approach (B3LYP/6-31G (d)) gave poor results. Authors should approach the question of choosing right level of computations carefully.There are a couple of reviews available on this problem [2-3]. Additional calculations at higher level are reasonable and needed to complete the study.

我的化合物结构式


[ Last edited by baiyuefei on 2011-6-16 at 20:32 ]
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1楼2011-06-16 19:22:14
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT

【答案】应助回帖

★ ★ ★
gmy1990(金币+3): 2011-06-16 21:16:28
baiyuefei(金币+100): 2011-06-20 09:39:27
1、审稿人问你是否对优化的结构做了频率分析，确保没有虚频来证实这是个稳定结构；是否做了波函数稳定测试，也可以用自选污染S^2来确认一下，如果自选污染比较大，尝试用非限制开窍层计算双自由自单重态；尝试用单晶结构做初始结构再优化；
2、普通的DFT/6-31g*无论是方法还是基组都不足以表征C-H…pi 作用，可以尝试用lc-b3lyp或者pbepbe或者dft-d等描述长程作用和dispersion forces ，基组连弥散都没有，更不合适，可加大到6-311++g**再优化。
估计就是这个意思吧。
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
2楼2011-06-16 20:51:59
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT

【答案】应助回帖

★
gmy1990(金币+1): 2011-06-16 21:16:42
另外评审的[1] [2-3]应该是给你推荐的文献吧。。那就更应该认真读一读，看看别人类似的体系是怎么做的了，而不是到这里来求助啊。这样的评审真的不错，不仅告诉你哪里不足，还给你指点怎么改正，相当不错了。其他懒惰或者轻视你的，直接指出不足就毙了文章了。
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
3楼2011-06-16 21:09:34
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baiyuefei

版主 (文学泰斗)

风雪

优秀版主优秀版主优秀版主文献杰出贡献优秀版主优秀版主优秀版主文献杰出贡献优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主文献杰出贡献优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主
引用回帖:
Originally posted by zhangmt at 2011-06-16 21:09:34:
另外评审的[1] [2-3]应该是给你推荐的文献吧。。那就更应该认真读一读，看看别人类似的体系是怎么做的了，而不是到这里来求助啊。这样的评审真的不错，不仅告诉你哪里不足，还给你指点怎么改正，相当不错了。其他 ...

是有两篇文献，但看了下，不太明白。其实文章里的计算是我找好朋友帮我弄的。非本专业，请谅解。
您能具体点我该用哪种计算方法优化我的分子吗？麻烦您了
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4楼2011-06-16 21:15:39
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mgfudan

铁杆木虫 (著名写手)

mgfudan
try DFT uB3LYP with a 6-311++G(d，p) basis set
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mgfudan
5楼2019-11-28 18:54:29
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