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jolly1987

金虫 (小有名气)

[求助] 用DMol3计算离子型化合物电荷的布局分布

请教用DMol3计算离子型化合物电荷的布局分布时，该如何设置？例如：

构建的分子

设置



电荷计算是用Mullike还是Hirshfield analysis，还是ESP charge？
小妹初涉MS，还请大侠们指点，谢谢！
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1楼 2011-08-22 20:09:25
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剑魄诗魂

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-08-23 14:48:50
jolly1987(金币+3): 谢谢！ 2011-08-23 15:21:41
你的设置没什么问题啊，population analysis那里选择atomic charge就可以了，那样的话，算完以后，使用DMol3的Analysis，点击assign把Mulliken原子电荷加到优化以后的结构上去，然后右键Label，添加charge，就可以看到直观的电荷布局分布了，你的结构这么简单，几个小时就能搞定了
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

江蓠
且邀浊圣嗤名禄，因忆莼鲈弃旧游。常效楚狂能恣肆，敢称才士故风流。
2楼2011-08-22 21:29:48
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jolly1987

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 剑魄诗魂 at 2011-08-22 21:29:48:
你的设置没什么问题啊，population analysis那里选择atomic charge就可以了，那样的话，算完以后，使用DMol3的Analysis，点击assign把Mulliken原子电荷加到优化以后的结构上去，然后右键Label，添加charge，就可以 ...

谢谢哈，那电荷计算是用Mullike还是Hirshfield analysis，还是ESP charge？这个带1个正电荷的离子型化合物总charge是设为1吧，如果是羧酸完全电离，是设为-1吧？因为和文献报导出入很大，所以比较担心，第一次用这个模块~
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3楼2011-08-23 08:32:50
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剑魄诗魂

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-08-23 14:48:58
引用回帖:
3楼: Originally posted by jolly1987 at 2011-08-23 08:32:50:
谢谢哈，那电荷计算是用Mullike还是Hirshfield analysis，还是ESP charge？这个带1个正电荷的离子型化合物总charge是设为1吧，如果是羧酸完全电离，是设为-1吧？因为和文献报导出入很大，所以比较担心，第一次用 ...

我不写了Mulliken了吗，你截的界面就可以直接算了，charge为1没问题
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且邀浊圣嗤名禄，因忆莼鲈弃旧游。常效楚狂能恣肆，敢称才士故风流。
4楼2011-08-23 09:10:26
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jolly1987

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 剑魄诗魂 at 2011-08-23 09:10:26:
我不写了Mulliken了吗，你截的界面就可以直接算了，charge为1没问题

不好意思，大侠，能再弱弱的问一句，为什么是Mulliken吗？看有人说，Mulliken 基于电子轨道，是以波函数来分析的；Hirshfeld是基于电荷密度来分析的；ESP charge，就是指用静电势拟合的电荷，该方法得到的电荷比mulliken电荷要合理。那不是该用ESP吗？这3个结果差别挺大的，还是不清楚向我这种有机小分子应该用哪个的结果，谢谢~~~
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5楼2011-08-23 09:56:04
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剑魄诗魂

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jolly1987 at 2011-08-23 09:56:04:
不好意思，大侠，能再弱弱的问一句，为什么是Mulliken吗？看有人说，Mulliken 基于电子轨道，是以波函数来分析的；Hirshfeld是基于电荷密度来分析的；ESP charge，就是指用静电势拟合的电荷，该方法得到的电荷比 ...

我也不好意思啊，我就是照着自己看过的文献所以去分析Mulliken电荷的，至于为什么还真没考虑过，恐怕没法给你解释。。。
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且邀浊圣嗤名禄，因忆莼鲈弃旧游。常效楚狂能恣肆，敢称才士故风流。
6楼2011-08-23 19:33:54
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t13340033021

金虫 (正式写手)
讨论化学反应位点最好还是ESP
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甲烷无敌
7楼2013-06-22 09:07:29
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江蓠

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 剑魄诗魂 at 2011-08-22 21:29:48
你的设置没什么问题啊，population analysis那里选择atomic charge就可以了，那样的话，算完以后，使用DMol3的Analysis，点击assign把Mulliken原子电荷加到优化以后的结构上去，然后右键Label，添加charge，就可以看 ...

我算出来氮掺杂碳材料的每个原子电荷都是0，不知道哪弄错了，求高人指点啊

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8楼2018-06-21 22:07:54
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江蓠

新虫 (小有名气)
我按照楼主的设置来的，但是算出来每个原子电荷为零啊，不知道哪错了

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9楼2018-06-21 22:09:21
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桑榆文

捐助贵宾 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jolly1987 at 2011-08-23 09:56:04
不好意思，大侠，能再弱弱的问一句，为什么是Mulliken吗？看有人说，Mulliken 基于电子轨道，是以波函数来分析的；Hirshfeld是基于电荷密度来分析的；ESP charge，就是指用静电势拟合的电荷，该方法得到的电荷比mu ...

我设置的是1，但是total charge为1.02，这怎么修改？
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10楼2018-09-12 10:13:37
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