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sfycong

新虫 (初入文坛)

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[交流] 用Dmol3里的Cosmo模型计算sigma——profile的问题已有1人参与

我现在用的是MS7.0，最近一直在用dmol3里的Cosmo计算分子的sigma--profile，但发现现在的新版本的Cosmo里的计算方法默认为ibs,这和老方法有什么区别，和老方法相比算出的结果会不会有很大的差别？
1、我用MS7.0算水分子的sigma--profile，没有修改input文件，计算结果和文献上用guass和Cosmothermo软件算出来的有很大的差别。那到底应不应该修改input文件，我列出我计算水的sigma--profile修改的input文件，如下：
# Task parameters
Calculate                   energy
Symmetry                   off
Max_memory                   10480
File_usage                   smart

# Electronic parameters
Spin_polarization          restricted
Charge                      0
Basis                      dnp
basis_version                basfile_v4.4
Pseudopotential             none
Functional                   vwn-bp
Aux_density                octupole
Integration_grid             fine
Occupation                   fermi
Cutoff_Global                5.5000 angstrom
Scf_density_convergence    1.0000e-005
Scf_charge_mixing          2.0000e-001
Scf_iterations             500
Scf_diis                   6 pulay
Cosmo                      ibs
COSMO_Dielectric             78.5400    Water

# COSMO Environment Keywords
Cosmo_Grid_Size             1082
Cosmo_Segments             92
Cosmo_Solvent_Radius       1.300000
Cosmo_A-Matrix_Cutoff       7.000000
Cosmo_RadCorr_Incr          0.000000
Cosmo_Radii(units)          angstrom
1 1.300000
2 1.720000
3 1.300000
这样的input文件有没有什么问题？算出来的sigma--profile的图片已上传。

2.我要用Cosmo计算一些金属离子的sigma--profile，是不是直接建单个离子的模型直接计算还是要考虑离子的水化问题建水化离子模型在来计算？

3.文献上列出的Cosmo半径，比如说：C:2.00A,H:1.30A,O:1.72A,Li+=1.750A,Na+=1.862A,这些半径该怎么用？
我现在就是因为算sigma--profile的问题犯愁啊，不知问题出在哪里，真心希望得到各位大神的指导，本人将不胜感激。

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2014-10-14 10:56:37, 950.05 K

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1楼 2014-10-14 11:10:19

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1、有区别，两种方法再划分溶剂空洞的时候形状应该是有些不同的。除了溶剂化不同，4.0以前、4.1和5.5以后的版本计算方法也稍有差异，请注意help文档中的MS40_Compat以及MS41_Compat关键词。
2、一些金属离子与水分子的作用是比较明显的化学键，具有明确的方向性，这种通过“自洽反应场”将水的构型、物性等平均化却不具备这样的方向性，至少内氛配位的几个水分子要考虑显式。
3、这个半径要是没记错的话应该是决定孔洞面积的吧。实际溶剂化模型的操作无非是将溶质外部罩上一个孔洞，计算这个孔洞和溶质的电荷作用。Gaussian的溶剂化模型还是有有些不同的，虽然cpcm和cosmol是一样的，但是很多内置参数的区别因为手头资料有限，我不是很了解。印象中Gaussian的溶剂参数是指定计算级别确定的，如uff、hf和pbe0水平的溶剂信息。

至于这些半径你可以进行指定，如你的input文件中这一行：
Cosmo_Radii(units)          angstrom
下面指定原子的编号及其对应的溶剂化半径即可。
另外想要精确的话
Cosmo_Grid_Size             1082
Cosmo_Segments             92
格点和面元片段也要充分。

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