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tzyioo

新虫 (初入文坛)

[求助] Dmol3计算周期性体系振动频率时k点的设置问题

本人用Dmol3做过渡态,当时勾选了frequency,但计算后outmol里只有
+++ Entering Vibrations Section +++
Message: Entering vibrations section
Harmonic frequencies will be computed by finite differences.
Number of displacements per atom is:   2
Step size for finite differences is:   0.010000 Bohrs
Message: License checkin of MS_dmol successful
Message: License checkin of MS_dsolid successful
Message: DMol3 job finished successfully
并且,在outmol前端也有
Warning: Input k points are used for computing vibrational frequencies
They must contain full non-symmetrized set for vibrations, no check is applied
Warning: kpoints file must contain full - non-symmetrized set for vibrations, no check is applied
现在我想单独算振动频率,input文件盒kpoint文件如下:
# Task parameters
Calculate                     energy
Symmetry                      off
Max_memory                    2048
# Electronic parameters
Spin_polarization             unrestricted
Charge                        0
Basis                         dnd
Pseudopotential               none
Functional                    gga(p91)
Aux_density                   octupole
Integration_grid              fine
Occupation                    thermal 0.0050
Cutoff_Global                 5.1000 angstrom
Scf_density_convergence       1.0000e-006
Scf_charge_mixing             0.2000
Scf_spin_mixing               0.5000
Scf_iterations                300
Scf_diis                      6 pulay
# Kpoint definition file (intervals/offset):
Kpoints                       file     1 1 10 0.0000 0.0000 0.0000
g-TS-fre.kpoints
# Calculated properties
Frequency_analysis            on
————————————————————————————
$reciprocal sampling points and weights
0.0000000000 0.0000000000 0.4500000000 0.1000000000
0.0000000000 0.0000000000 0.3500000000 0.1000000000
0.0000000000 0.0000000000 0.2500000000 0.1000000000
0.0000000000 0.0000000000 0.1500000000 0.1000000000
0.0000000000 0.0000000000 0.0500000000 0.1000000000
0.0000000000 0.0000000000 -0.0500000000 0.1000000000
0.0000000000 0.0000000000 -0.1500000000 0.1000000000
0.0000000000 0.0000000000 -0.2500000000 0.1000000000
0.0000000000 0.0000000000 -0.3500000000 0.1000000000
0.0000000000 0.0000000000 -0.4500000000 0.1000000000
$end
这个还是算不了,提示语与找过渡态是一样,请问所谓full-non-symmetrized是什么?具体怎么添加?
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tzyioo

新虫 (初入文坛)

自顶~~
2楼2013-04-07 08:28:43
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foreverhaozi

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
Dmol3里面,计算频率时,需要把对称性去掉。在菜单栏选择build-crystal-rebuild crystal 然后选择对称性为P1 就是编号为1然后确定,此时体系的对称性已经改为P1对称性 这时就可以做频率计算了。
3楼2013-04-08 09:42:53
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tzyioo

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by foreverhaozi at 2013-04-08 09:42:53
Dmol3里面,计算频率时,需要把对称性去掉。在菜单栏选择build-crystal-rebuild crystal 然后选择对称性为P1 就是编号为1然后确定,此时体系的对称性已经改为P1对称性 这时就可以做频率计算了。

嗯 谢谢回复 我检查过对称性,已经是P1了,.car和.input文件中也没有关于对称性的设置...不过问题应该是出在对称性,就是不知道怎么改...之前结构优化的时候也遇到一个对称性的问题,在勾选优化超胞的前提下,如果不勾symmetry,超胞会变形,勾上symmetry,会提示密度矩阵无法对称化,然后任务失败,可我在自己电脑上勾上symmetry运行(服务器上装的5.5,自己电脑装的5.0),却没有出现这个问题...搞不懂...
4楼2013-04-09 16:56:07
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