应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » Dmol3计算周期性体系振动频率时k点的设置问题
41/1返回列表
查看: 2934  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

tzyioo

新虫 (初入文坛)

[求助] Dmol3计算周期性体系振动频率时k点的设置问题

本人用Dmol3做过渡态，当时勾选了frequency，但计算后outmol里只有
+++ Entering Vibrations Section +++
Message: Entering vibrations section
Harmonic frequencies will be computed by finite differences.
Number of displacements per atom is:   2
Step size for finite differences is:   0.010000 Bohrs
Message: License checkin of MS_dmol successful
Message: License checkin of MS_dsolid successful
Message: DMol3 job finished successfully
并且，在outmol前端也有
Warning: Input k points are used for computing vibrational frequencies
They must contain full non-symmetrized set for vibrations, no check is applied
Warning: kpoints file must contain full - non-symmetrized set for vibrations, no check is applied
现在我想单独算振动频率，input文件盒kpoint文件如下：
# Task parameters
Calculate                     energy
Symmetry                      off
Max_memory                    2048
# Electronic parameters
Spin_polarization             unrestricted
Charge                        0
Basis                         dnd
Pseudopotential               none
Functional                    gga(p91)
Aux_density                   octupole
Integration_grid              fine
Occupation                    thermal 0.0050
Cutoff_Global                 5.1000 angstrom
Scf_density_convergence       1.0000e-006
Scf_charge_mixing             0.2000
Scf_spin_mixing               0.5000
Scf_iterations                300
Scf_diis                      6 pulay
# Kpoint definition file (intervals/offset):
Kpoints                       file     1 1 10 0.0000 0.0000 0.0000
g-TS-fre.kpoints
# Calculated properties
Frequency_analysis            on
————————————————————————————
$reciprocal sampling points and weights
0.0000000000 0.0000000000 0.4500000000 0.1000000000
0.0000000000 0.0000000000 0.3500000000 0.1000000000
0.0000000000 0.0000000000 0.2500000000 0.1000000000
0.0000000000 0.0000000000 0.1500000000 0.1000000000
0.0000000000 0.0000000000 0.0500000000 0.1000000000
0.0000000000 0.0000000000 -0.0500000000 0.1000000000
0.0000000000 0.0000000000 -0.1500000000 0.1000000000
0.0000000000 0.0000000000 -0.2500000000 0.1000000000
0.0000000000 0.0000000000 -0.3500000000 0.1000000000
0.0000000000 0.0000000000 -0.4500000000 0.1000000000
$end
这个还是算不了，提示语与找过渡态是一样，请问所谓full-non-symmetrized是什么？具体怎么添加？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-04-06 14:10:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tzyioo

新虫 (初入文坛)
自顶~~
回复此楼
2楼2013-04-07 08:28:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

foreverhaozi

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
Dmol3里面，计算频率时，需要把对称性去掉。在菜单栏选择build-crystal-rebuild crystal 然后选择对称性为P1 就是编号为1然后确定，此时体系的对称性已经改为P1对称性 这时就可以做频率计算了。
赞一下 回复此楼
3楼2013-04-08 09:42:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tzyioo

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by foreverhaozi at 2013-04-08 09:42:53
Dmol3里面，计算频率时，需要把对称性去掉。在菜单栏选择build-crystal-rebuild crystal 然后选择对称性为P1 就是编号为1然后确定，此时体系的对称性已经改为P1对称性 这时就可以做频率计算了。

嗯 谢谢回复 我检查过对称性，已经是P1了,.car和.input文件中也没有关于对称性的设置...不过问题应该是出在对称性，就是不知道怎么改...之前结构优化的时候也遇到一个对称性的问题，在勾选优化超胞的前提下，如果不勾symmetry，超胞会变形，勾上symmetry，会提示密度矩阵无法对称化，然后任务失败，可我在自己电脑上勾上symmetry运行（服务器上装的5.5，自己电脑装的5.0），却没有出现这个问题...搞不懂...
赞一下 回复此楼
4楼2013-04-09 16:56:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 tzyioo 的主题更新
41/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 国自科面上基金字体 +6 iwuli 2026-03-12 7/350 2026-03-16 21:18 by sculhf
[考研] 材料与化工专硕调剂 +3 heming3743 2026-03-16 3/150 2026-03-16 15:05 by peike
[教师之家] 焦虑 +7 水冰月月野兔 2026-03-13 9/450 2026-03-16 10:00 by Quakerbird
[考研] 0856求调剂 +3 刘梦微 2026-03-15 3/150 2026-03-16 10:00 by houyaoxu
[考研] 274求调剂 +4 时间点 2026-03-13 4/200 2026-03-15 15:29 by Rambo13
[考研] 26考研一志愿中国石油大学(华东)305分求调剂 +3 嘉年新程 2026-03-15 3/150 2026-03-15 13:58 by 哈哈哈哈嘿嘿嘿
[考研] 070305求调剂 +3 mlpqaz03 2026-03-14 4/200 2026-03-15 11:04 by peike
[考研] 255求调剂 +3 李嘉慧， 2026-03-12 4/200 2026-03-14 16:58 by 有只狸奴
[考研] 复试调剂 +3 呼呼？~+123456 2026-03-14 3/150 2026-03-14 16:53 by WTUChen
[考研] 材料与化工（0856）304求B区调剂 +7 邱gl 2026-03-10 11/550 2026-03-14 12:18 by 邱gl
[考研] 材料080500调剂求收留 +3 一颗meteor 2026-03-13 3/150 2026-03-14 10:54 by peike
[考研] 招收0805（材料）调剂 +3 18595523086 2026-03-13 3/150 2026-03-14 00:33 by 123%、
[考研] 337一志愿华南理工0805材料求调剂 +7 mysdl 2026-03-11 9/450 2026-03-13 22:43 by JourneyLucky
[考研] 290求调剂 +9 ADT 2026-03-11 9/450 2026-03-13 21:55 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工085600调剂求老师收留 +9 jiaanl 2026-03-11 9/450 2026-03-13 20:22 by JourneyLucky
[考研] 求b区学校调剂 +3 周56 2026-03-11 3/150 2026-03-13 16:20 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +3 程雨杭 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:06 by JourneyLucky
[考研] 308求调剂 +3 是Lupa啊 2026-03-12 3/150 2026-03-13 14:30 by 求调剂zz
[考研] 298求调剂 +3 Vv呀！ 2026-03-10 3/150 2026-03-10 22:40 by 剑诗杜康
[考研] 一志愿：武汉理工，材料工程，英二数二 总分314 +3 2202020125 2026-03-10 4/200 2026-03-10 13:54 by xiongyaxuan
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭