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【求助】MS5.0中Dmol3计算频率问题 已有13人参与
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优化了一个小分子在金属表面吸附，得到稳定结构后计算energy，同时勾选了frequency，但输出文件中并没有频率计算的结果，有没有高人能够给以指点一二~ 呵呵 谢谢了先！ 输出文件： +++ Entering Vibrations Section +++ Message: Entering vibrations section The following atoms will be used in frequency calculations atom # 28 atom # 29 atom # 30 atom # 31 atom # 32 atom # 33 Harmonic frequencies will be computed by finite differences. Number of displacements per atom is: 2 Step size for finite differences is: 0.010000 Bohrs Message: License checkin of MS_dmol successful Message: License checkin of MS_dsolid successful Message: DMol3 job finished successfully time all done 337.39m 20243.48s |
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至尊木虫 (正式写手)
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15楼2012-10-26 15:11:53
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lvjian8596(金币+1):感谢交流！ 2010-07-06 10:36:14
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如果结果的部分没有，你再往前看 ， vibrational frequencies, intensities mode au_amu cm-1 km/mol 1 -0.005429 -27.9 2.84 2 0.000000 0.0 0.17 3 0.000000 0.0 0.09 4 0.000000 0.0 0.03 5 0.000000 0.0 0.04 6 0.000000 0.0 0.10 7 0.000000 0.0 0.15 8 0.008095 41.6 0.00 9 0.014768 75.9 0.12 10 0.015372 79.0 0.00 11 0.021927 112.7 0.47 12 0.025680 132.0 0.49 13 0.029496 151.6 0.29 14 0.031649 162.7 0.08 15 0.032477 166.9 0.32 16 0.033961 174.6 0.04 17 0.042468 218.3 2.28 18 0.044154 227.0 0.27 19 0.046492 239.0 0.49 20 0.050683 260.5 0.37 21 0.066074 339.7 2.43 Frequencies (cm-1) and normal modes 1: -27.9 2: 0.0 3: 0.0 4: 0.0 5: 0.0 6: 0.0 7: 0.0 8: 41.6 9: 75.9 Ge x -0.2054 -0.3925 -0.0582 0.3362 -0.1760 -0.0514 0.0421 -0.2076 0.0607 y 0.2702 0.1333 0.1784 0.1608 -0.2105 0.3778 0.2914 -0.3560 -0.0982 z -0.3320 0.2355 -0.2431 0.1422 0.1747 0.0916 -0.1146 0.1136 -0.4599 Fe x -0.3921 -0.2683 -0.1144 0.2392 -0.1677 -0.0721 0.0457 -0.0151 0.0384 y -0.0774 0.0594 -0.0991 0.0516 -0.0372 0.0596 0.5169 0.1167 0.0426 z 0.2919 -0.1780 -0.0337 0.3453 0.2845 0.0812 -0.0202 -0.0092 0.0270 Fe x 0.3922 0.0657 -0.3031 0.0109 -0.2719 -0.0704 -0.0500 -0.0151 0.0384 |
2楼2010-07-06 10:16:43
cmwangdft
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8楼2010-07-07 08:53:54
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刚刚在输出文件发现这么一段： Warning: Input k points are used for computing vibrational frequencies They must contain full non-symmetrized set for vibrations, no check is applied Warning: kpoints file must contain full - non-symmetrized set for vibrations, no check is applied Thermal smearing overrode tetrahedra Bloechl correction Warning: Mulliken option is state by state for k-points Warning: plotted density is auxiliary density for k-points Warning: Hessian file is not present for requested vibrational restart. 问题应该是出在这，哪位高人能给解释下这段？具体怎么修改？ 谢谢啦~ |
3楼2010-07-06 10:34:22
cmwangdft
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xiaohunhun(金币+1):xiexie 2010-07-06 18:49:44
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| 对称性限制了？ |
4楼2010-07-06 11:19:24
5楼2010-07-06 17:08:21
cmwangdft
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6楼2010-07-06 21:32:25
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请问下楼上的，按着你的建议，算性质时只勾选频率可以算，但是其他性质一起勾选的话就不能算频率了 呵呵 不知楼上的知道不这是咋回事 还有个问题想请教下楼上的或其他高手，就是计算气相分子的性质输出文件会给出：Zero point vibrational energy: 2.135 au STANDARD THERMODYNAMIC QUANTITIES AT 298.15 K AND 1.00 ATM Zero point vibrational energy: 31.374 kcal/mol 不知这两个Zero point vibrational energy有什么不同？具体有什么意义？当这个小分子吸附在金属表面时计算频率只给出： Zero point vibrational energy: 2.205 au 之前用的4.0版本的都是以kcal/mol 为单位给出的值；不知道该怎么理解这种不同，期盼哪位高人能给解释下！ |
7楼2010-07-06 23:16:08
9楼2010-07-07 11:52:46
yjmaxpayne
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10楼2010-07-07 18:22:18
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