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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】MS5.0中Dmol3计算频率问题
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c_zhong

银虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】MS5.0中Dmol3计算频率问题 已有13人参与

优化了一个小分子在金属表面吸附，得到稳定结构后计算energy，同时勾选了frequency，但输出文件中并没有频率计算的结果，有没有高人能够给以指点一二~ 呵呵 谢谢了先！

输出文件：

+++ Entering Vibrations Section +++

Message: Entering vibrations section

The following atoms will be used in frequency calculations

      atom #   28
      atom #   29
      atom #   30
      atom #   31
      atom #   32
      atom #   33


Harmonic frequencies will be computed by finite differences.

Number of displacements per atom is:   2
Step size for finite differences is:   0.010000 Bohrs

Message: License checkin of MS_dmol successful
Message: License checkin of MS_dsolid successful

Message: DMol3 job finished successfully

time all done     337.39m    20243.48s
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1楼 2010-07-06 09:49:41
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

729267452lgl

至尊木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
dmol3计算频率的结果，不能直接从结果文件中得到，需要用到Tools工具栏中的Vibrational Analysis工具进行分析，然后得到分子的振动频率。
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15楼2012-10-26 15:11:53
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qqfly2003

银虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lvjian8596(金币+1):感谢交流！ 2010-07-06 10:36:14
如果结果的部分没有，你再往前看 ，
      vibrational frequencies, intensities
  mode     au_amu        cm-1      km/mol
    1   -0.005429       -27.9        2.84
    2    0.000000         0.0        0.17
    3    0.000000         0.0        0.09
    4    0.000000         0.0        0.03
    5    0.000000         0.0        0.04
    6    0.000000         0.0        0.10
    7    0.000000         0.0        0.15
    8    0.008095        41.6        0.00
    9    0.014768        75.9        0.12
   10    0.015372        79.0        0.00
   11    0.021927       112.7        0.47
   12    0.025680       132.0        0.49
   13    0.029496       151.6        0.29
   14    0.031649       162.7        0.08
   15    0.032477       166.9        0.32
   16    0.033961       174.6        0.04
   17    0.042468       218.3        2.28
   18    0.044154       227.0        0.27
   19    0.046492       239.0        0.49
   20    0.050683       260.5        0.37
   21    0.066074       339.7        2.43


  Frequencies (cm-1) and normal modes
        1:  -27.9    2:    0.0    3:    0.0    4:    0.0    5:    0.0    6:    0.0    7:    0.0    8:   41.6    9:   75.9
  
Ge x     -0.2054      -0.3925      -0.0582       0.3362      -0.1760      -0.0514       0.0421      -0.2076       0.0607
    y      0.2702       0.1333       0.1784       0.1608      -0.2105       0.3778       0.2914      -0.3560      -0.0982
    z     -0.3320       0.2355      -0.2431       0.1422       0.1747       0.0916      -0.1146       0.1136      -0.4599
Fe x     -0.3921      -0.2683      -0.1144       0.2392      -0.1677      -0.0721       0.0457      -0.0151       0.0384
    y     -0.0774       0.0594      -0.0991       0.0516      -0.0372       0.0596       0.5169       0.1167       0.0426
    z      0.2919      -0.1780      -0.0337       0.3453       0.2845       0.0812      -0.0202      -0.0092       0.0270
Fe x      0.3922       0.0657      -0.3031       0.0109      -0.2719      -0.0704      -0.0500      -0.0151       0.0384
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2楼2010-07-06 10:16:43
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cmwangdft

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lvjian8596(金币+2):感谢交流！ 2010-07-07 09:20:51
hometownlove(金币+1):谢谢交流 2010-07-07 12:21:47
k-points文件在计算时是要修改的（考虑倒空间的对称性）
错误信息指算频率时的k-points采用full non-symmetrized格式
因此如果最后算频率的话就有问题了
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妙不可言
8楼2010-07-07 08:53:54
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普通回帖

c_zhong

银虫 (初入文坛)
刚刚在输出文件发现这么一段：

Warning: Input k points are used for computing vibrational frequencies
They must contain full non-symmetrized set for vibrations, no check is applied
Warning: kpoints file must contain full - non-symmetrized set for vibrations, no check is applied


Thermal smearing overrode tetrahedra Bloechl correction

Warning: Mulliken option is state by state for k-points
Warning: plotted density is auxiliary density for k-points
Warning: Hessian file is not present for requested vibrational restart.

问题应该是出在这，哪位高人能给解释下这段？具体怎么修改？ 谢谢啦~
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3楼2010-07-06 10:34:22
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cmwangdft

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
gavinliu7390(金币+1):谢谢交流！ 2010-07-06 11:23:49
xiaohunhun(金币+1):xiexie 2010-07-06 18:49:44
对称性限制了？
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妙不可言
4楼2010-07-06 11:19:24
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c_zhong

银虫 (初入文坛)
没有限制对称性 ~ 对于气相小分子可以算频率，吸附以后就不能算了。不知道怎么个情况，郁闷……
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5楼2010-07-06 17:08:21
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cmwangdft

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lvjian8596(金币+2):感谢交流！ 2010-07-06 23:09:17
尝试将优化和频率计算分开做
“kpoints file must contain full - non-symmetrized set for vibrations, no check is applied”

查看K-ponits文件
在频率计算时，输入的k-points确保文件没有变化。

试试看
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妙不可言
6楼2010-07-06 21:32:25
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c_zhong

银虫 (初入文坛)
★ ★
xiaohunhun(金币+1):谢谢 2010-07-07 00:45:23
hedaors(金币+1):谢谢交流 2010-07-07 07:51:53
请问下楼上的，按着你的建议，算性质时只勾选频率可以算，但是其他性质一起勾选的话就不能算频率了  呵呵 不知楼上的知道不这是咋回事

还有个问题想请教下楼上的或其他高手，就是计算气相分子的性质输出文件会给出：Zero point vibrational energy:      2.135 au

STANDARD THERMODYNAMIC QUANTITIES AT   298.15 K  AND     1.00 ATM

  Zero point vibrational energy:       31.374 kcal/mol

不知这两个Zero point vibrational energy有什么不同？具体有什么意义？当这个小分子吸附在金属表面时计算频率只给出： Zero point vibrational energy:      2.205 au

之前用的4.0版本的都是以kcal/mol 为单位给出的值；不知道该怎么理解这种不同，期盼哪位高人能给解释下！
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7楼2010-07-06 23:16:08
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c_zhong

银虫 (初入文坛)
谢谢cmwangdft的细心解答！呵呵 我现在困惑的就是上面我提到的那个零点能的问题，不知cmwangdft能不能对这个问题也帮忙解答下？不胜感激~

哪位大侠知道的话也可以帮忙解答下，谢谢啦~

[ Last edited by c_zhong on 2010-7-7 at 11:54 ]
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9楼2010-07-07 11:52:46
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yjmaxpayne

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
aylayl08(金币+1):谢谢指点 2010-07-07 19:43:11
零点能？ 那不就是1/2(h_bar*omega)么， 不过这个频率用的是哪个，换算一下就清楚了。
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10楼2010-07-07 18:22:18
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