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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » Dmol3计算周期性体系振动频率时k点的设置问题
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tzyioo

新虫 (初入文坛)

[求助] Dmol3计算周期性体系振动频率时k点的设置问题

本人用Dmol3做过渡态，当时勾选了frequency，但计算后outmol里只有
+++ Entering Vibrations Section +++
Message: Entering vibrations section
Harmonic frequencies will be computed by finite differences.
Number of displacements per atom is:   2
Step size for finite differences is:   0.010000 Bohrs
Message: License checkin of MS_dmol successful
Message: License checkin of MS_dsolid successful
Message: DMol3 job finished successfully
并且，在outmol前端也有
Warning: Input k points are used for computing vibrational frequencies
They must contain full non-symmetrized set for vibrations, no check is applied
Warning: kpoints file must contain full - non-symmetrized set for vibrations, no check is applied
现在我想单独算振动频率，input文件盒kpoint文件如下：
# Task parameters
Calculate                     energy
Symmetry                      off
Max_memory                    2048
# Electronic parameters
Spin_polarization             unrestricted
Charge                        0
Basis                         dnd
Pseudopotential               none
Functional                    gga(p91)
Aux_density                   octupole
Integration_grid              fine
Occupation                    thermal 0.0050
Cutoff_Global                 5.1000 angstrom
Scf_density_convergence       1.0000e-006
Scf_charge_mixing             0.2000
Scf_spin_mixing               0.5000
Scf_iterations                300
Scf_diis                      6 pulay
# Kpoint definition file (intervals/offset):
Kpoints                       file     1 1 10 0.0000 0.0000 0.0000
g-TS-fre.kpoints
# Calculated properties
Frequency_analysis            on
————————————————————————————
$reciprocal sampling points and weights
0.0000000000 0.0000000000 0.4500000000 0.1000000000
0.0000000000 0.0000000000 0.3500000000 0.1000000000
0.0000000000 0.0000000000 0.2500000000 0.1000000000
0.0000000000 0.0000000000 0.1500000000 0.1000000000
0.0000000000 0.0000000000 0.0500000000 0.1000000000
0.0000000000 0.0000000000 -0.0500000000 0.1000000000
0.0000000000 0.0000000000 -0.1500000000 0.1000000000
0.0000000000 0.0000000000 -0.2500000000 0.1000000000
0.0000000000 0.0000000000 -0.3500000000 0.1000000000
0.0000000000 0.0000000000 -0.4500000000 0.1000000000
$end
这个还是算不了，提示语与找过渡态是一样，请问所谓full-non-symmetrized是什么？具体怎么添加？
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1楼 2013-04-06 14:10:40
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tzyioo

新虫 (初入文坛)
自顶~~
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2楼2013-04-07 08:28:43
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foreverhaozi

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
Dmol3里面，计算频率时，需要把对称性去掉。在菜单栏选择build-crystal-rebuild crystal 然后选择对称性为P1 就是编号为1然后确定，此时体系的对称性已经改为P1对称性 这时就可以做频率计算了。
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3楼2013-04-08 09:42:53
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tzyioo

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by foreverhaozi at 2013-04-08 09:42:53
Dmol3里面，计算频率时，需要把对称性去掉。在菜单栏选择build-crystal-rebuild crystal 然后选择对称性为P1 就是编号为1然后确定，此时体系的对称性已经改为P1对称性 这时就可以做频率计算了。

嗯 谢谢回复 我检查过对称性，已经是P1了,.car和.input文件中也没有关于对称性的设置...不过问题应该是出在对称性，就是不知道怎么改...之前结构优化的时候也遇到一个对称性的问题，在勾选优化超胞的前提下，如果不勾symmetry，超胞会变形，勾上symmetry，会提示密度矩阵无法对称化，然后任务失败，可我在自己电脑上勾上symmetry运行（服务器上装的5.5，自己电脑装的5.0），却没有出现这个问题...搞不懂...
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4楼2013-04-09 16:56:07
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