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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 关于使用Dmol3进行过渡态搜索的问题！
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amition

木虫 (正式写手)

[求助] 关于使用Dmol3进行过渡态搜索的问题！ 已有2人参与

本人新手  刚接触Dmol3不久  目前正在做吸附过渡态的搜索，有几个问题想请教大家：
1、对于吸附态轨迹文件的生成，我是把吸附前和吸附后的结构分别进行优化，然后分别做为反应物和生成物进行原子match，生成轨迹文件。但是我发现有一次有一种吸附结构居然不能生成轨迹文件 好像说反应物和生成物的晶体参数不一致。为什么会出现这种情况呢？还有我经常要手动进行一些原子match，正常吗？
2、对于轨迹文件进行过渡态的搜索后，出现错误
Unable to bracket maximum from both endpoints
Please check endpoints
Cumulative number of energy/gradient calls    :                 17
这个问题我在论坛上搜索过，挺多的 但是回答的大部分是反应物和生成物的结构不对 需要调整。可是我的反应物和生成物都是优化过的，应该是稳定的还怎么进行调整呢？？
3、关于反应物和生成物的优化，我好像看过有人说过渡态搜索时一些参数设置最好和优化时的一样，是这样吗？如果我对他们都用Castep进行优化，然后再到Dmol3进行TS搜索可以吗？如果想较容易的搜索出过渡态那么参数应该如何设置比较好呢？
最后还是关于这个问题
Unable to bracket maximum from both endpoints
Please check endpoints
Cumulative number of energy/gradient calls    :                 17
是不是在参数设置上有什么问题呢？
希望大家可以指点一下啊！~  不胜感激~~
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1楼 2011-12-12 11:49:51
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回帖置顶 ( 共有1个 )

amition

木虫 (正式写手)
amition: 回帖置顶 2012-09-29 15:12:16
刚才的图片上传错了  这个才是！！！！！！~
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5楼2011-12-14 20:56:54
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

【答案】应助回帖

Unable to bracket maximum from both endpoints，LST/QST的过程是先要在假定的LST路径（通常是在反应物和生成物坐标线性插值得到的路径）上找到极大点，找不到的话程序就会跳出错误。按照现在跑出来的结果看，LZ的反应物可能做得有点问题，比生成物高出十几eV，这个并不合理，构型可能没做过优化或者结构本身优化的时候产生了什么问题，但暂时很难判断了。

传统的找过渡态过程本身是需要技巧和化学直觉的，并不是随便扔上两个结构建立个path程序就能够自动找出来。现在虽然是有构象搜索的特定算法，不过限制也诸多。

至于找过渡态，其实可以细化成过渡态搜索和过渡态精修两个部分，在能够猜测得到过渡态的大致样子的情况其实可以直接构造模型进行约束优化算partial Hessian，然后直接进行TS opt，TS search不是必要的，当然这是需要足够的经验和技巧的。
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不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
18楼2019-04-02 02:52:46
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amition

木虫 (正式写手)
期待有人能帮忙~~~~
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-12-14 15:59:24
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普通回帖

amition

木虫 (正式写手)
看了好多了~ 还是没明白~
对于过渡态搜索对反应物和生成物有什么具体要求呢？
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2楼2011-12-12 12:04:57
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amition

木虫 (正式写手)
我最近一次的过渡态搜索又失败了！~~ 这是生成的xcd图像 ，这个曲线是不是说我这个过程没有过渡态啊？？因为我看文献搜到过渡态都是有最高点的 像抛物线。。。。
错误还是
Unable to bracket maximum from both endpoints
Please check endpoints
Cumulative number of energy/gradient calls:     17
求大家指点~~~
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4楼2011-12-14 20:53:57
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sdsdlgh

银虫 (初入文坛)
同期待啊，我有相同问题，lz解决了吗？
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6楼2011-12-19 20:55:40
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wangyoucheng

新虫 (初入文坛)
我也对这种情况很好奇，希望高手能解答。
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7楼2012-03-19 15:13:26
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stefsui

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amition: 金币+2, ★有帮助, 能不能说的更明白一点？？ 2012-03-22 12:54:27
你经过优化并不能说明你结构没有问题，注意反应物和产物要相近，你那个图明显不对，好好看看教程。
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8楼2012-03-19 20:43:58
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digghost

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
amition: 金币+5, ★★★很有帮助, 有道理 2012-09-29 15:14:06
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-09-30 18:36:39
晶格不匹配的提示，说明你反应物和生成物基体晶格不相等等，其原因是你先将反应物和生成的的结构都优化好了，所以导致无法模拟。同是这也是没有物理意义的，因为在原子吸附的时候，你的表面结构应该是反应物优化后的结构，在吸附之后，由于吸附的物质的作用，表面原子才发生弛豫，因此，应该 先优化反应物，而后计算过度态，最后再优化生成物结构。
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呵呵了
9楼2012-09-29 13:56:33
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amition

木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by digghost at 2012-09-29 13:56:33
晶格不匹配的提示，说明你反应物和生成物基体晶格不相等等，其原因是你先将反应物和生成的的结构都优化好了，所以导致无法模拟。同是这也是没有物理意义的，因为在原子吸附的时候，你的表面结构应该是反应物优化后的 ...

我又有点糊涂了。过渡态不是通过反应物和生成物来确定的吗？ 我先优化了反应物，不优化生成物吗？ 直接生成过渡态？ 最后优化生成物？ 也就是说在进行过渡态搜索时生成物的结构还不是确定的？
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10楼2012-09-29 15:17:07
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