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关于使用Dmol3进行过渡态搜索的问题！ 已有2人参与
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本人新手 刚接触Dmol3不久 目前正在做吸附过渡态的搜索，有几个问题想请教大家： 1、对于吸附态轨迹文件的生成，我是把吸附前和吸附后的结构分别进行优化，然后分别做为反应物和生成物进行原子match，生成轨迹文件。但是我发现有一次有一种吸附结构居然不能生成轨迹文件 好像说反应物和生成物的晶体参数不一致。为什么会出现这种情况呢？还有我经常要手动进行一些原子match，正常吗？ 2、对于轨迹文件进行过渡态的搜索后，出现错误 Unable to bracket maximum from both endpoints Please check endpoints Cumulative number of energy/gradient calls : 17 这个问题我在论坛上搜索过，挺多的 但是回答的大部分是反应物和生成物的结构不对 需要调整。可是我的反应物和生成物都是优化过的，应该是稳定的还怎么进行调整呢？？ 3、关于反应物和生成物的优化，我好像看过有人说过渡态搜索时一些参数设置最好和优化时的一样，是这样吗？如果我对他们都用Castep进行优化，然后再到Dmol3进行TS搜索可以吗？如果想较容易的搜索出过渡态那么参数应该如何设置比较好呢？ 最后还是关于这个问题 Unable to bracket maximum from both endpoints Please check endpoints Cumulative number of energy/gradient calls : 17 是不是在参数设置上有什么问题呢？ 希望大家可以指点一下啊！~ 不胜感激~~ |
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卡开发发
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【答案】应助回帖
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Unable to bracket maximum from both endpoints，LST/QST的过程是先要在假定的LST路径（通常是在反应物和生成物坐标线性插值得到的路径）上找到极大点，找不到的话程序就会跳出错误。按照现在跑出来的结果看，LZ的反应物可能做得有点问题，比生成物高出十几eV，这个并不合理，构型可能没做过优化或者结构本身优化的时候产生了什么问题，但暂时很难判断了。 传统的找过渡态过程本身是需要技巧和化学直觉的，并不是随便扔上两个结构建立个path程序就能够自动找出来。现在虽然是有构象搜索的特定算法，不过限制也诸多。 至于找过渡态，其实可以细化成过渡态搜索和过渡态精修两个部分，在能够猜测得到过渡态的大致样子的情况其实可以直接构造模型进行约束优化算partial Hessian，然后直接进行TS opt，TS search不是必要的，当然这是需要足够的经验和技巧的。 |
18楼2019-04-02 02:52:46
2楼2011-12-12 12:04:57
3楼2011-12-14 15:59:24
4楼2011-12-14 20:53:57
