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amition

木虫 (正式写手)

[求助] 关于使用Dmol3进行过渡态搜索的问题! 已有2人参与

本人新手  刚接触Dmol3不久  目前正在做吸附过渡态的搜索,有几个问题想请教大家:
1、对于吸附态轨迹文件的生成,我是把吸附前和吸附后的结构分别进行优化,然后分别做为反应物和生成物进行原子match,生成轨迹文件。但是我发现有一次有一种吸附结构居然不能生成轨迹文件 好像说反应物和生成物的晶体参数不一致。为什么会出现这种情况呢?还有我经常要手动进行一些原子match,正常吗?
2、对于轨迹文件进行过渡态的搜索后,出现错误
Unable to bracket maximum from both endpoints
Please check endpoints
Cumulative number of energy/gradient calls    :                 17
这个问题我在论坛上搜索过,挺多的 但是回答的大部分是反应物和生成物的结构不对 需要调整。可是我的反应物和生成物都是优化过的,应该是稳定的还怎么进行调整呢??
3、关于反应物和生成物的优化,我好像看过有人说过渡态搜索时一些参数设置最好和优化时的一样,是这样吗?如果我对他们都用Castep进行优化,然后再到Dmol3进行TS搜索可以吗?如果想较容易的搜索出过渡态那么参数应该如何设置比较好呢?
最后还是关于这个问题
Unable to bracket maximum from both endpoints
Please check endpoints
Cumulative number of energy/gradient calls    :                 17
是不是在参数设置上有什么问题呢?
希望大家可以指点一下啊!~  不胜感激~~
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sdsdlgh

银虫 (初入文坛)

同期待啊,我有相同问题,lz解决了吗?
6楼2011-12-19 20:55:40
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amition

木虫 (正式写手)

看了好多了~ 还是没明白~
对于过渡态搜索对反应物和生成物有什么具体要求呢?
2楼2011-12-12 12:04:57
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amition

木虫 (正式写手)

期待有人能帮忙~~~~
3楼2011-12-14 15:59:24
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amition

木虫 (正式写手)

我最近一次的过渡态搜索又失败了!~~ 这是生成的xcd图像 ,这个曲线是不是说我这个过程没有过渡态啊??因为我看文献搜到过渡态都是有最高点的 像抛物线。。。。
错误还是
Unable to bracket maximum from both endpoints
Please check endpoints
Cumulative number of energy/gradient calls:     17
求大家指点~~~


4楼2011-12-14 20:53:57
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