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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】DMOL3搜索过渡态计算失败——关于虚频
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lovemydog

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】DMOL3搜索过渡态计算失败——关于虚频

前两天使用DMOL3做了一个过渡态搜索，在对生成的过渡态进行frequency计算（vibration analysis）后，发现有很多虚频，请问下大家该怎么样消掉虚频呢?有没有一些具体的方法或者参考资料都行。另外在计算的时候如果发现在进行vibration analysis后没有虚频该怎么办？
希望大家能给点意见和指导，先谢谢大家了   

[ Last edited by lovemydog on 2010-9-24 at 21:14 ]
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1楼 2010-09-24 21:12:58
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
★
lovemydog(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
12楼: Originally posted by duantian0529 at 2015-03-06 14:36:02
其实一般不做优化，直接拿search后的文件进行第三步，进行过渡态确认。

过渡态的确定只能确定路径是否是基元反应。如果你确定你的反应历程确实是这样，非常有把握当中不会再有中间体，那么与您的想法相反，直接做过渡态优化即可，可以省去确定的步骤。

但做之前需要进行频率计算，然后可根据在tools的reaction的工具中查看振动模，选取与反应相关的虚频振动模并进行过渡态优化即可。

对于周期体系，可能会出现1~3个低模、低频的虚频，不过没啥意义，就算不消除也没多大影响，只要存在那个正常的沿着反应方向的虚频即可。

如果上述方法对于某虚频还是无法消除，那么把非反应方向的虚频的键长拉伸1.3~1.5倍，再进行过渡态优化，最好注意一下力的收敛。

过渡态优化之后建议再重新计算频率来考察虚频是否满足过渡态。
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不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
13楼2015-03-06 23:34:36
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qiangwxr

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
lovemydog(金币+1):谢谢参与
lovemydog(金币+1): 2010-09-29 10:16:51
aylayl08(金币+2):谢谢解释 2010-09-29 12:21:46
1. “在对生成的过渡态进行frequency计算（vibration analysis）后”，你具体是怎么进行frequency计算？是DMol3 Energy计算时选上frequency吗？还是直接用菜单Tool-vibration analysis？
2. 如果没有用DMol3等模块计算过频率，直接分析的话似乎强度都是零。
3. 出现虚频，好像是观看虚频对应的振动方向，然后调整分子结构。
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4楼2010-09-29 08:20:31
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homebaby

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
lovemydog(金币+1):谢谢参与
aylayl08(金币+2):谢谢讨论 2010-09-29 18:24:51
lovemydog(金币+1): 2010-09-30 09:25:53
我也在用dmol做过渡态,参照的是创腾公司的教程，1确定.产物反应物没有虚频2.过渡态搜索同时勾选Frequency3.分析过渡态的frequency，若不是只有一个虚频，就需要做TS Optimization 3.过渡态验证：TS confirmation. 我也是菜鸟，希望能对你有用。
赞一下(3人) 回复此楼
8楼2010-09-29 15:53:49
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普通回帖

lovemydog

银虫 (小有名气)
有人指导下么？
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2楼2010-09-25 09:26:43
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charityqi

木虫 (小有名气)
lovemydog(金币+1):谢谢参与
aylayl08(金币-1):请回复问题，否则不必顶贴 2010-09-28 16:50:22
帮忙顶贴，
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3楼2010-09-28 11:38:31
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liangchin
lovemydog(金币+1):谢谢参与
aylayl08(金币-1):禁止无意义回帖获得奖励，扣回 2010-09-29 12:21:21
支持支持！！
5楼2010-09-29 08:33:23
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563324898
lovemydog(金币+1):谢谢参与
aylayl08(金币-1):禁止无意义回帖获得奖励，扣回 2010-09-29 12:21:29
支持支持
6楼2010-09-29 08:46:41
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lovemydog

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by qiangwxr at 2010-09-29 08:20:31:
1. “在对生成的过渡态进行frequency计算（vibration analysis）后”，你具体是怎么进行frequency计算？是DMol3 Energy计算时选上frequency吗？还是直接用菜单Tool-vibration analysis？
2. 如果没有用DMol3等模 ...

非常感谢你的回答。
我在计算的frequency是用dmol3进行几何优化时性质栏勾选上的，而vibrational analysis就是对这个frequency分析。
按你说的，对应虚频的振动方向来调整分子结构有什么原则或规律指导么？或者什么方法？感觉实际操作每个准则啊
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7楼2010-09-29 10:24:36
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流星雨
★
lovemydog(金币+1):谢谢参与
9楼2012-01-11 10:52:07
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jinna319

禁虫 (小有名气)
★
lovemydog(金币+1): 谢谢参与
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10楼2014-10-22 11:26:57
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