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汕头大学海洋科学接受调剂
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lishufei

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】dmol 计算过渡态出现两虚频

在dmol计算过渡态是出现两个虚频，一个-1300多，一个-50，动画显示-1300是我想要的，-50我不想要，想消去，怎么办？（我的初态结构和末态结构都优化好的）难道是反应路径有问题，还是初态或终态本身有问题？但只是个简单的金属解离氢分子反应，不会有很多种初态和终态啊？郁闷。。。。请教大家啦
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1楼 2010-11-21 09:50:19
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lishufei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by lishufei at 2010-11-21 09:50:19:
在dmol计算过渡态是出现两个虚频，一个-1300多，一个-50，动画显示-1300是我想要的，-50我不想要，想消去，怎么办？（我的初态结构和末态结构都优化好的）难道是反应路径有问题，还是初态或终态本身有问题？但只是 ...

补充一下，金属层下面有几层固定啦，应该不是它的原因吧？我看-50的虚频动画也是发生在分子上和底层没关系啊。还有看网上说消虚频把结构的坐标提出来在+虚频震动*0.5，具体怎么操作啊？本人连菜鸟都算不上有劳大家啦
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2楼2010-11-21 09:56:39
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lishufei

金虫 (正式写手)
按照http://muchong.com/html/201007/2201973.html上说的，那我就直接打开-1350那个动画界面直接进行ts——opt就行啦？用不用计算频率啊？算出的图形一定和开始的ts_search不一样，那就是说过渡态是ts——opt的图像，能垒是ts_search里面计算出的barrier？是不是这样的啊？请教拿dmol做过过渡态的大侠啦？
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3楼2010-11-21 10:30:46
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lishufei

金虫 (正式写手)
还有个问题按照它的这种方法，那就是不怕虚频多就怕没虚频，只要有一种虚频是我们想要的那种反应就行啦？在这种虚频的图画里进行ts-opt就是想要的过渡态，不知道我的这种理解对不对啊？

在过渡态中显示的两个虚频（-1300和-50），-1300是氢分子往开解离的震动形式很剧烈，-50的频率是氢分子基本上键长不变，只前后位置震动，很柔。我可不可以这样理解，过渡态在这个位置，有两种震动模式，因此它是不稳定位置，也是能量最高位，在这个位置我想要的是解离的模式，即对解离模式动画进行ts-opt，但我发现没法计算，提示说没有正常的模型什么的。
在对过渡态搜索后.xsd进行ts-opt只得到一个虚频（-1270）但与先前过渡态搜索.xsd结构有很大变化，氢原子之间的距离变化不大，是相对基地金属原子位置发生变化，那过渡态应该是一个虚频的ts-opt还是两个虚频ts-search？ts-opt优化出的能量要比Energy of transition state的能量低很多大约0.0348882Ha，这些怎么解释啊？

[ Last edited by lishufei on 2010-11-21 at 17:23 ]
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4楼2010-11-21 10:36:42
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mypursuit

铜虫 (初入文坛)
★
lishufei(金币+1):谢谢参与
顶一下，帖子别沉   我也刚好碰到这样问题
QQ  53209890  理论化学计算
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6楼2011-12-06 22:06:52
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MMCJC

新虫 (初入文坛)
★
lishufei(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
4楼: Originally posted by lishufei at 2010-11-21 10:36:42
还有个问题按照它的这种方法，那就是不怕虚频多就怕没虚频，只要有一种虚频是我们想要的那种反应就行啦？在这种虚频的图画里进行ts-opt就是想要的过渡态，不知道我的这种理解对不对啊？

在过渡态中显示的两个虚频 ...

请问楼主问题解决没，我也遇到类似的问题，不知道虚频该如何处理？
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7楼2019-06-27 16:59:03
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franch5楼
2011-04-30 21:53   回复  
lishufei(金币+1):谢谢参与
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