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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】dmol过渡态确认
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charityqi

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】dmol过渡态确认已有1人参与

1。
如果用TS opt进行过渡态的优化后，该怎么确认这是真正的过渡态呢，或者说怎么用TS confirmation？谢谢大家。
2。
对于过渡态只能有一个虚频吗？还是说多余的频率强度小于多少就可以接受呢？谢谢大家
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1楼2010-09-28 21:18:29
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lovemydog

银虫 (小有名气)
★ ★
charityqi(金币+1):谢谢参与
zzy870720z(金币+1):谢谢提示 2010-10-05 09:55:08
charityqi(金币+1): 2010-10-08 21:06:50
要用TS confirmation确认的。过渡态只能有一个虚频，而且绝对值大于100才比较可靠
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2楼2010-10-05 09:42:12
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charityqi

木虫 (小有名气)
谢谢，那做TS CONFIRMATION 时需要轨迹文件，用TS opt的轨迹文件并不是从反应物到生成物的呀？
引用回帖:
Originally posted by lovemydog at 2010-10-05 09:42:12:
要用TS confirmation确认的。过渡态只能有一个虚频，而且绝对值大于100才比较可靠

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3楼2010-10-08 21:06:40
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liancsh

铜虫 (小有名气)
★ ★
charityqi(金币+1):谢谢参与
sunyang1988(金币+1): 谢谢指点 2011-03-12 10:56:35
引用回帖:
Originally posted by charityqi at 2010-10-08 21:06:40:
谢谢，那做TS CONFIRMATION 时需要轨迹文件，用TS opt的轨迹文件并不是从反应物到生成物的呀？

做TS CONFIRMATION 时需要的轨迹文件是TS Search 过程中产生的xtd文件，而不是TS optimization 过程中的轨迹文件。
TS optimization 是一个精炼过渡态的过程，要想在Demol中确定过渡态是不能用它的路径文件的。
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4楼2011-03-12 08:28:37
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tangbohejin

木虫之王 (文学泰斗)
★
charityqi(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by liancsh at 2011-03-12 08:28:37:
做TS CONFIRMATION 时需要的轨迹文件是TS Search 过程中产生的xtd文件，而不是TS optimization 过程中的轨迹文件。
TS optimization 是一个精炼过渡态的过程，要想在Demol中确定过渡态是不能用它的路径文件的。

支持----
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5楼2011-03-12 12:22:28
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qdykswang

金虫 (著名写手)
★
charityqi(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
4楼: Originally posted by liancsh at 2011-03-12 08:28:37
做TS CONFIRMATION 时需要的轨迹文件是TS Search 过程中产生的xtd文件，而不是TS optimization 过程中的轨迹文件。
TS optimization 是一个精炼过渡态的过程，要想在Demol中确定过渡态是不能用它的路径文件的。...

First of all, when your QST finishes, set up the TS Confirmation but click 'save files' instead of 'run.' It will create a folder with a name like <name> DMol3 TSConf with the files <name>_reac.car, <name>_prod.car, and <name>_intm.car. Delete the file <name>_intm.car. Leave that folder be for the moment, and go run your TS optimization. When it finishes, get the .car file and copy it into the DMol3 TSConf folder with the name <name>_intm.car. Finally, open the input file in DMol3 TSConf, and select 'Run Files' on the DMol3 dialog. This will fool DMol3 into using your own TS structure.
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化学工程+高分子
6楼2013-12-10 22:52:56
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溪水永恒

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by qdykswang at 2013-12-10 22:52:56
First of all, when your QST finishes, set up the TS Confirmation but click 'save files' instead of 'run.' It will create a folder with a name like <name> DMol3 TSConf with the files <name&g ...

我试了下，怎么运行不了？
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7楼2014-11-28 21:21:56
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