看蛋白质与配体模拟，http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... ex/02_topology.html
首先将JZ4的蛋白文件找出，grep JZ4 3HTB_clean.pdb > JZ4.pdb，然后在3HTB_clean.pdb中删除了JZ4。运行下面的指令
pdb2gmx -f 3HTB_clean.pdb -o 3HTB_processed.gro -water spc
选完力场后，出现以下警告
there were 0 atoms with zero occupancy and 178 atoms with
occupancy unequal to one (out of 1364 atoms). Check your pdb file.
不知有懂的么，望指点！！
还没有解决，更不解的是在往后面做的时候，添加例子是出现 No line with moleculetype 'SOL' found the [ molecules ] section of file 'topol.top。但是我的top文件中是有SOL的，请问你们模拟是有遇到这个问题么，怎么解决的。
顺便问下又会做拉式图的吗？我用 g_rama -f md_400.xtc -s md_400.tpr -o rama.xvg 指令后，出来的rama.xvg绘图时出现的只有角坐标，没有能量。
回复此楼
