应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » gromacs 模拟时如何固定金属离子的问题
111/2返回列表12下一页
查看: 3058  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

doudianzhu

新虫 (初入文坛)

[求助] gromacs 模拟时如何固定金属离子的问题 已有2人参与

gromacs对于带有金属离子的蛋白可以进行模拟，问题在于我该如何固定金属离子，如何不进行固定，模拟之后的pdb文件中金属离子消失了，我应该怎么解决，欢迎各位做相关模拟的小伙伴们指点迷津~
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-01-17 10:26:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

smutao

禁虫 (著名写手)
★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-17 13:29:52
本帖内容被屏蔽
2楼2014-01-17 10:39:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-17 13:30:10
应用gromacs中make_ndx命令功能生成index文件，将系统重新分类生成不同的group，可以分别决定原子离子位置是否固定。。。。。
赞一下 回复此楼
gromacs
3楼2014-01-17 10:54:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

doudianzhu

新虫 (初入文坛)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-17 13:30:56
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-01-17 10:39:21
消失了肯定是有问题，你再导出pdb确认一下到底有没有那个离子了。
固定一般用restraint功能固定

是我提取pdb时出了点问题，现在pdb中有ZN2+ 了，不过位置出现偏移。我模拟的蛋白是含有锌指结构的，锌离子是固定在四个半胱氨酸中间，所以我担心锌离子偏移会对模拟过后的蛋白结构有影响。restraint功能我也不太清楚啊，能否说的详细些。感谢回复，希望可以继续交流~
赞一下 回复此楼
4楼2014-01-17 11:26:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

smutao

禁虫 (著名写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-18 11:03:10
本帖内容被屏蔽
5楼2014-01-17 11:57:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

doudianzhu

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by smutao at 2014-01-17 11:57:21
偏移说明什么 楼主有没有仔细想过...

似乎是离子需要先固定，但用什么方法固定我不清楚，有木有高招？
赞一下 回复此楼
6楼2014-01-18 09:47:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

smutao

禁虫 (著名写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-18 11:03:30
本帖内容被屏蔽
7楼2014-01-18 10:03:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

doudianzhu

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by smutao at 2014-01-18 10:03:15
照理说带2个正电的zn离子应该是被稳定住的，不知道您在parameterize的时候有没有想过
...

是这样的，实验室用的模拟参数基本没改过，前人模拟的蛋白都不含有离子，所以参数什么的我也没改过，不知道是改参数还是什么方法能让离子固定在一定的位置上。
赞一下 回复此楼
8楼2014-01-18 10:51:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

smutao

禁虫 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
9楼2014-01-18 10:53:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

doudianzhu

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by smutao at 2014-01-18 10:53:14
你用的是什么力场？？
...

gros43a1
回复此楼
10楼2014-01-18 14:50:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 doudianzhu 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +16 基诺咪客 2026-08-17 20/1000 2026-08-20 12:44 by 201120518022
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +16 Ldrop2023 2026-08-13 20/1000 2026-08-20 11:07 by xskun
[基金申请] 言之凿凿，8月21号(明天)放榜 +12 医学老男孩 2026-08-20 14/700 2026-08-20 10:53 by ran2233
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +14 kkkl_v 2026-08-19 15/750 2026-08-20 08:21 by sunzitan
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +11 ziyangfang 2026-08-19 13/650 2026-08-19 21:28 by aasahr
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +4 yuleib84 2026-08-19 5/250 2026-08-19 19:52 by hhs666
[基金申请] 今天放榜吗？ +14 布布和一二 2026-08-19 15/750 2026-08-19 18:07 by gltch
[基金申请] 2027广东省杰青 +4 奶牛小黑 2026-08-15 10/500 2026-08-19 11:02 by wanfengnew
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。 +6 Tide man 2026-08-14 7/350 2026-08-19 09:56 by ZJTJZ
[基金申请] 什么时候开奖？ +6 CrisMessi 2026-08-18 6/300 2026-08-19 08:06 by Equinoxhua
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[论文投稿] 投稿咨询 +4 wwm09 2026-08-17 6/300 2026-08-18 15:36 by wwm09
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +14 archvillain 2026-08-15 26/1300 2026-08-18 13:37 by phantomgost
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +8 zju2000 2026-08-16 9/450 2026-08-17 12:20 by lmz0216
[精细化工] 招聘 金属平磨液，抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭