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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » gromacs 模拟时如何固定金属离子的问题
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doudianzhu

新虫 (初入文坛)

[求助] gromacs 模拟时如何固定金属离子的问题 已有2人参与

gromacs对于带有金属离子的蛋白可以进行模拟，问题在于我该如何固定金属离子，如何不进行固定，模拟之后的pdb文件中金属离子消失了，我应该怎么解决，欢迎各位做相关模拟的小伙伴们指点迷津~
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1楼 2014-01-17 10:26:44
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smutao

禁虫 (著名写手)
★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-17 13:29:52
本帖内容被屏蔽
2楼2014-01-17 10:39:21
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-17 13:30:10
应用gromacs中make_ndx命令功能生成index文件，将系统重新分类生成不同的group，可以分别决定原子离子位置是否固定。。。。。
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gromacs
3楼2014-01-17 10:54:34
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doudianzhu

新虫 (初入文坛)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-17 13:30:56
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-01-17 10:39:21
消失了肯定是有问题，你再导出pdb确认一下到底有没有那个离子了。
固定一般用restraint功能固定

是我提取pdb时出了点问题，现在pdb中有ZN2+ 了，不过位置出现偏移。我模拟的蛋白是含有锌指结构的，锌离子是固定在四个半胱氨酸中间，所以我担心锌离子偏移会对模拟过后的蛋白结构有影响。restraint功能我也不太清楚啊，能否说的详细些。感谢回复，希望可以继续交流~
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4楼2014-01-17 11:26:37
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smutao

禁虫 (著名写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-18 11:03:10
本帖内容被屏蔽
5楼2014-01-17 11:57:21
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doudianzhu

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by smutao at 2014-01-17 11:57:21
偏移说明什么 楼主有没有仔细想过...

似乎是离子需要先固定，但用什么方法固定我不清楚，有木有高招？
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6楼2014-01-18 09:47:17
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smutao

禁虫 (著名写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-18 11:03:30
本帖内容被屏蔽
7楼2014-01-18 10:03:15
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doudianzhu

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by smutao at 2014-01-18 10:03:15
照理说带2个正电的zn离子应该是被稳定住的，不知道您在parameterize的时候有没有想过
...

是这样的，实验室用的模拟参数基本没改过，前人模拟的蛋白都不含有离子，所以参数什么的我也没改过，不知道是改参数还是什么方法能让离子固定在一定的位置上。
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8楼2014-01-18 10:51:47
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smutao

禁虫 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
9楼2014-01-18 10:53:14
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doudianzhu

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by smutao at 2014-01-18 10:53:14
你用的是什么力场？？
...

gros43a1
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10楼2014-01-18 14:50:46
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