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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs计算时原系统带电荷，如何添加离子中和电性？
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lid5251

新虫 (小有名气)

[求助] gromacs计算时原系统带电荷，如何添加离子中和电性？ 已有1人参与

如题，在做gromacs时，提示系统带3个正电荷，怎么添加离子中和电性呢？谢谢各位啦。
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1楼 2013-03-05 09:17:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lid5251: 金币+2, ★有帮助 2013-03-05 11:12:03
多看手册
genion 命令即可

例如我要添加46个离子，使用下面的命令：
genion -s em.tpr -o lions.gro -g add_ions.log -pname NA+ -np 46 -p mono.top -random -seed 1993

如果你是初学者，推荐你下载一个GROMACS_MD_Flowchart.pdf
http://ishare.iask.sina.com.cn/f/15271185.html
再把论坛里的入门教程顺着做一遍，你就会很熟悉了。

记得多读手册
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2楼2013-03-05 10:10:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lid5251

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-03-05 10:10:07
多看手册
genion 命令即可

例如我要添加46个离子，使用下面的命令：
genion -s em.tpr -o lions.gro -g add_ions.log -pname NA+ -np 46 -p mono.top -random -seed 1993

如果你是初学者，推荐你下载一个G ...

非常感谢，这里是不是需要 add_ions.log这个文件啊，另外-random -seed 1993 是什么意思啊？
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3楼2013-03-05 11:12:56
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by lid5251 at 2013-03-05 11:12:56
非常感谢，这里是不是需要 add_ions.log这个文件啊，另外-random -seed 1993 是什么意思啊？...

呵呵呵，这个属于你应该仔细看手册的问题了。
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4楼2013-03-05 14:10:14
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spirte雷

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-03-06 20:17:01
lid5251: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-03-09 10:15:05
加3个阴离子即可，要用到你上一个命令输出的*.tpr文件。
比如:genion -s  *.tpr -o *_ion.gro -p *.top -pname NA -nname CL -nn 3(如果是阳离子的话用-np)
输入完后会提示你用什么来替代CL离子，选SOL即可(PS.当然不想用自己所模拟的物质来替代CL离子)
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用心体验就好
5楼2013-03-06 18:17:16
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三木713

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-03-05 10:10:07
多看手册
genion 命令即可

例如我要添加46个离子，使用下面的命令：
genion -s em.tpr -o lions.gro -g add_ions.log -pname NA+ -np 46 -p mono.top -random -seed 1993

如果你是初学者，推荐你下载一个G ...

大神，我就是按你的方法，，然后报错说

Fatal error:
No such moleculetype NA

这是什么问题啊？？
赞一下 回复此楼
6楼2014-03-17 14:15:52
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2014-03-17 18:51:57
引用回帖:
6楼: Originally posted by 三木713 at 2014-03-17 14:15:52
大神，我就是按你的方法，，然后报错说

Fatal error:
No such moleculetype NA

这是什么问题啊？？...

这个仍然属于你该仔细读手册的问题：
1、你首先应该看懂gromacs的拓扑文件是什么，
2、你模拟的拓扑文件中有没有加入离子的拓扑
3、你应该去看看你选用的力场中钠离子的分子类型（moleculetype ）
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7楼2014-03-17 14:24:55
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三木713

新虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-17 18:52:25
引用回帖:
7楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2014-03-17 14:24:55
这个仍然属于你该仔细读手册的问题：
1、你首先应该看懂gromacs的拓扑文件是什么，
2、你模拟的拓扑文件中有没有加入离子的拓扑
3、你应该去看看你选用的力场中钠离子的分子类型（moleculetype ）...

top文件加了ions.itp  
我用的GROMACS96 力场

grompp -f em.mdp -c Ia1.pdb -p Ic.top -o Ia2.tpr   用的这个指令

上一步产生的pdb文件最后是：
ATOM  21370  HW2 SOL  7071      57.482  57.152  58.822  1.00  0.00
ATOM  21371  NA  NA+  7072      12.271  34.321  26.551  1.00  0.00

我之前做蜘蛛肽的 就是这样的步骤的
我不知道那出错了
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8楼2014-03-17 14:54:40
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pengbin1992

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 三木713 at 2014-03-17 14:15:52
大神，我就是按你的方法，，然后报错说

Fatal error:
No such moleculetype NA

这是什么问题啊？？...

那是你编写top文件最后一栏molecular时编了NA，或是你小分子的itp文件里分子类型名字和residue残基没对上
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9楼2016-07-22 20:57:09
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