应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs计算时原系统带电荷，如何添加离子中和电性？
51/1返回列表
查看: 4247  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

lid5251

新虫 (小有名气)

[求助] gromacs计算时原系统带电荷，如何添加离子中和电性？ 已有1人参与

如题，在做gromacs时，提示系统带3个正电荷，怎么添加离子中和电性呢？谢谢各位啦。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Gromacs

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-03-05 09:17:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by lid5251 at 2013-03-05 11:12:56
非常感谢，这里是不是需要 add_ions.log这个文件啊，另外-random -seed 1993 是什么意思啊？...

呵呵呵，这个属于你应该仔细看手册的问题了。
赞一下 回复此楼
4楼2013-03-05 14:10:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lid5251: 金币+2, ★有帮助 2013-03-05 11:12:03
多看手册
genion 命令即可

例如我要添加46个离子，使用下面的命令：
genion -s em.tpr -o lions.gro -g add_ions.log -pname NA+ -np 46 -p mono.top -random -seed 1993

如果你是初学者，推荐你下载一个GROMACS_MD_Flowchart.pdf
http://ishare.iask.sina.com.cn/f/15271185.html
再把论坛里的入门教程顺着做一遍，你就会很熟悉了。

记得多读手册
赞一下 回复此楼
2楼2013-03-05 10:10:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lid5251

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-03-05 10:10:07
多看手册
genion 命令即可

例如我要添加46个离子，使用下面的命令：
genion -s em.tpr -o lions.gro -g add_ions.log -pname NA+ -np 46 -p mono.top -random -seed 1993

如果你是初学者，推荐你下载一个G ...

非常感谢，这里是不是需要 add_ions.log这个文件啊，另外-random -seed 1993 是什么意思啊？
赞一下 回复此楼
3楼2013-03-05 11:12:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

spirte雷

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-03-06 20:17:01
lid5251: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-03-09 10:15:05
加3个阴离子即可，要用到你上一个命令输出的*.tpr文件。
比如:genion -s  *.tpr -o *_ion.gro -p *.top -pname NA -nname CL -nn 3(如果是阳离子的话用-np)
输入完后会提示你用什么来替代CL离子，选SOL即可(PS.当然不想用自己所模拟的物质来替代CL离子)
赞一下 回复此楼
用心体验就好
5楼2013-03-06 18:17:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +5 process2012 2026-08-23 7/350 2026-08-25 09:42 by huixian257
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +25 yaoyewhu2008 2026-08-20 27/1350 2026-08-25 08:01 by Equinoxhua
[基金申请] 明天应该可查了！？ +5 chengyan1220 2026-08-23 5/250 2026-08-24 23:28 by 我4大白菜
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +7 图啦图啦 2026-08-24 8/400 2026-08-24 22:00 by maomao_da
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +14 ziyangfang 2026-08-19 17/850 2026-08-24 18:37 by 哈哈蛤？
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +17 羊腰板 2026-08-21 19/950 2026-08-24 16:52 by iaeyuan
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +17 医学老男孩 2026-08-20 21/1050 2026-08-24 14:21 by refreshing11
[基金申请] 估计是周四 +4 archvillain 2026-08-18 4/200 2026-08-24 13:53 by zzuzxg
[基金申请] 朋友圈看到的 +7 wangzilk 2026-08-18 9/450 2026-08-24 10:50 by cmrandy
[基金申请] 让我中一个面上吧！ +13 大萍1987 2026-08-20 16/800 2026-08-24 10:23 by 太傻了
[基金申请] 放榜前的不淡定 20+4 snowwithsea 2026-08-19 17/850 2026-08-24 10:20 by echo8914667
[基金申请] 什么时候开奖？ +10 CrisMessi 2026-08-18 11/550 2026-08-24 06:50 by 开心的小狮子
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办？ +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 时间戳今天，20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 看来今天不会放榜了？ +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭