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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【讨论】gromacs电荷不为整数
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sichuanemily

木虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】gromacs电荷不为整数 已有5人参与

请问谁知道，做gromacs时，加完溶剂水后，电荷不是整数怎么处理吗，我处理了好几次蛋白没有用，是不是蛋白还是没处理好，还是加的溶剂水不合适，或是没加完整啊，求解答！
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1楼 2011-03-22 11:11:27
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come4c

铁虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★
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ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-27 09:18:16
试试改变链两端的基团，比如原来-ter选的是cooh和nh3 换成coo-和nh2-之类的，还有pdb2gmx时应该加上-ignh命令吧，忽略pdb里的h
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2楼2011-03-26 09:49:16
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hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)
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ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-04-02 14:51:18
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-13 09:22:50
引用回帖:
Originally posted by sichuanemily at 2011-03-22 11:11:27:
请问谁知道，做gromacs时，加完溶剂水后，电荷不是整数怎么处理吗，我处理了好几次蛋白没有用，是不是蛋白还是没处理好，还是加的溶剂水不合适，或是没加完整啊，求解答！

一个可能是你的蛋白却原子，另一个可能是你用的力场电荷参数有些许问题。
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3楼2011-04-02 12:37:04
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御剑江湖

荣誉版主 (著名写手)

天池冶海

优秀版主
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zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-04-04 22:44:13
如果你的原子类型和相应力场原子类型一致的话，pdb2gmx应该是可以进行的，实在不行，手动改top文件！
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莫问前尘事，只怜今世缘，承临纵横风，御剑凡尘路，蹉跎浮华，嬉笑洒脱。
4楼2011-04-02 18:50:41
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hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)
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御剑江湖(金币+2): 谢谢回答 2011-04-03 09:24:08
引用回帖:
Originally posted by 御剑江湖 at 2011-04-02 18:50:41:
如果你的原子类型和相应力场原子类型一致的话，pdb2gmx应该是可以进行的，实在不行，手动改top文件！

力场电荷有时会有问题，我遇到过一次，后来查到新的参数把力场参数电荷改了就好了。电荷问题是不会影响pdb2gmx，但是gromacs官网上说如果电荷不为整数，说明有问题，要修正。
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5楼2011-04-03 00:09:22
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sichuanemily

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by hhwinhuanghe at 2011-04-03 00:09:22:
力场电荷有时会有问题，我遇到过一次，后来查到新的参数把力场参数电荷改了就好了。电荷问题是不会影响pdb2gmx，但是gromacs官网上说如果电荷不为整数，说明有问题，要修正。

我知道应该是有问题 的，但不知如何修正？请问这位虫友是否知道？谢谢
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6楼2011-04-08 09:34:01
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bridgeqbf

新虫 (初入文坛)
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御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-13 09:23:10
don't worry about water. Check the topology file of other molecules.
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7楼2011-04-12 21:25:32
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