应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【讨论】gromacs电荷不为整数
71/1返回列表
查看: 1245  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

sichuanemily

木虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】gromacs电荷不为整数 已有5人参与

请问谁知道，做gromacs时，加完溶剂水后，电荷不是整数怎么处理吗，我处理了好几次蛋白没有用，是不是蛋白还是没处理好，还是加的溶剂水不合适，或是没加完整啊，求解答！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-03-22 11:11:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

come4c

铁虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-27 09:18:16
试试改变链两端的基团，比如原来-ter选的是cooh和nh3 换成coo-和nh2-之类的，还有pdb2gmx时应该加上-ignh命令吧，忽略pdb里的h
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2011-03-26 09:49:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-04-02 14:51:18
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-13 09:22:50
引用回帖:
Originally posted by sichuanemily at 2011-03-22 11:11:27:
请问谁知道，做gromacs时，加完溶剂水后，电荷不是整数怎么处理吗，我处理了好几次蛋白没有用，是不是蛋白还是没处理好，还是加的溶剂水不合适，或是没加完整啊，求解答！

一个可能是你的蛋白却原子，另一个可能是你用的力场电荷参数有些许问题。
赞一下(3人) 回复此楼
3楼2011-04-02 12:37:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

御剑江湖

荣誉版主 (著名写手)

天池冶海

优秀版主
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-04-04 22:44:13
如果你的原子类型和相应力场原子类型一致的话，pdb2gmx应该是可以进行的，实在不行，手动改top文件！
赞一下(2人) 回复此楼
莫问前尘事，只怜今世缘，承临纵横风，御剑凡尘路，蹉跎浮华，嬉笑洒脱。
4楼2011-04-02 18:50:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
御剑江湖(金币+2): 谢谢回答 2011-04-03 09:24:08
引用回帖:
Originally posted by 御剑江湖 at 2011-04-02 18:50:41:
如果你的原子类型和相应力场原子类型一致的话，pdb2gmx应该是可以进行的，实在不行，手动改top文件！

力场电荷有时会有问题，我遇到过一次，后来查到新的参数把力场参数电荷改了就好了。电荷问题是不会影响pdb2gmx，但是gromacs官网上说如果电荷不为整数，说明有问题，要修正。
赞一下(3人) 回复此楼
5楼2011-04-03 00:09:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sichuanemily

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by hhwinhuanghe at 2011-04-03 00:09:22:
力场电荷有时会有问题，我遇到过一次，后来查到新的参数把力场参数电荷改了就好了。电荷问题是不会影响pdb2gmx，但是gromacs官网上说如果电荷不为整数，说明有问题，要修正。

我知道应该是有问题 的，但不知如何修正？请问这位虫友是否知道？谢谢
赞一下 回复此楼
6楼2011-04-08 09:34:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bridgeqbf

新虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-13 09:23:10
don't worry about water. Check the topology file of other molecules.
赞一下(2人) 回复此楼
7楼2011-04-12 21:25:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 sichuanemily 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭