应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【讨论】gromacs电荷不为整数
71/1返回列表
查看: 1331  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

sichuanemily

木虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】gromacs电荷不为整数 已有5人参与

请问谁知道，做gromacs时，加完溶剂水后，电荷不是整数怎么处理吗，我处理了好几次蛋白没有用，是不是蛋白还是没处理好，还是加的溶剂水不合适，或是没加完整啊，求解答！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-03-22 11:11:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

come4c

铁虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-27 09:18:16
试试改变链两端的基团，比如原来-ter选的是cooh和nh3 换成coo-和nh2-之类的，还有pdb2gmx时应该加上-ignh命令吧，忽略pdb里的h
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2011-03-26 09:49:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-04-02 14:51:18
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-13 09:22:50
引用回帖:
Originally posted by sichuanemily at 2011-03-22 11:11:27:
请问谁知道，做gromacs时，加完溶剂水后，电荷不是整数怎么处理吗，我处理了好几次蛋白没有用，是不是蛋白还是没处理好，还是加的溶剂水不合适，或是没加完整啊，求解答！

一个可能是你的蛋白却原子，另一个可能是你用的力场电荷参数有些许问题。
赞一下(3人) 回复此楼
3楼2011-04-02 12:37:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

御剑江湖

荣誉版主 (著名写手)

天池冶海

优秀版主
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-04-04 22:44:13
如果你的原子类型和相应力场原子类型一致的话，pdb2gmx应该是可以进行的，实在不行，手动改top文件！
赞一下(2人) 回复此楼
莫问前尘事，只怜今世缘，承临纵横风，御剑凡尘路，蹉跎浮华，嬉笑洒脱。
4楼2011-04-02 18:50:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
御剑江湖(金币+2): 谢谢回答 2011-04-03 09:24:08
引用回帖:
Originally posted by 御剑江湖 at 2011-04-02 18:50:41:
如果你的原子类型和相应力场原子类型一致的话，pdb2gmx应该是可以进行的，实在不行，手动改top文件！

力场电荷有时会有问题，我遇到过一次，后来查到新的参数把力场参数电荷改了就好了。电荷问题是不会影响pdb2gmx，但是gromacs官网上说如果电荷不为整数，说明有问题，要修正。
赞一下(3人) 回复此楼
5楼2011-04-03 00:09:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sichuanemily

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by hhwinhuanghe at 2011-04-03 00:09:22:
力场电荷有时会有问题，我遇到过一次，后来查到新的参数把力场参数电荷改了就好了。电荷问题是不会影响pdb2gmx，但是gromacs官网上说如果电荷不为整数，说明有问题，要修正。

我知道应该是有问题 的，但不知如何修正？请问这位虫友是否知道？谢谢
赞一下 回复此楼
6楼2011-04-08 09:34:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bridgeqbf

新虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-13 09:23:10
don't worry about water. Check the topology file of other molecules.
赞一下(2人) 回复此楼
7楼2011-04-12 21:25:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 sichuanemily 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] NSFC申报书里申请人简历中代表性论著还需要在申报书最后的附件里面再上传一遍吗 20+5 NSFC2026我来了 2026-03-10 14/700 2026-03-15 23:53 by 不负韶华的虎
[考研] 311求调剂 +5 冬十三 2026-03-15 5/250 2026-03-15 18:38 by 无际的草原
[考研] 0703化学调剂 290分有科研经历，论文在投 +3 腻腻gk 2026-03-14 3/150 2026-03-15 17:28 by 小物理化学
[考研] 290求调剂 +3 孔志浩 2026-03-12 8/400 2026-03-15 15:30 by 孔志浩
[考研] 复试调剂 +4 z1z2z3879 2026-03-14 5/250 2026-03-14 16:30 by JourneyLucky
[教师之家] 焦虑 +5 水冰月月野兔 2026-03-13 7/350 2026-03-14 15:14 by 农药害害
[考研] 266求调剂 +4 学员97LZgn 2026-03-13 4/200 2026-03-14 08:37 by zhukairuo
[考研] 293求调剂 +5 上班不着吉 2026-03-09 5/250 2026-03-14 02:37 by JourneyLucky
[考研] 化学工程321分求调剂（南京工业，浙江工业） +3 大米饭！ 2026-03-09 4/200 2026-03-14 02:34 by JourneyLucky
[考研] 求调剂，药学 +3 归零lbm 2026-03-09 5/250 2026-03-14 02:21 by JourneyLucky
[考研] 求调剂！ +4 朔朔话 2026-03-09 4/200 2026-03-14 01:38 by JourneyLucky
[考研] 085600求调剂 +3 a邵星池 2026-03-09 3/150 2026-03-14 01:32 by JourneyLucky
[考研] 一志愿安徽大学材料工程专硕313分，求调剂的学校 +8 Yu先生 2026-03-10 10/500 2026-03-14 01:04 by JourneyLucky
[考研] 材料工程,326分，求调剂 +6 KRSLSR 2026-03-10 6/300 2026-03-13 23:47 by JourneyLucky
[考研] 【考研调剂求收留】 +3 Ceciilia 2026-03-11 3/150 2026-03-13 20:18 by JourneyLucky
[考研] 工科0856专硕化学工程269能调剂吗 +10 我想读研11 2026-03-10 10/500 2026-03-13 10:14 by Yuyi.
[考研] 085600 材料与化工 295 求调剂 +10 dream…… 2026-03-10 12/600 2026-03-12 13:46 by dream……
[考研] 0857环境调剂 +5 熠熠_11 2026-03-10 5/250 2026-03-11 10:59 by wang_dand
[考研] 298求调剂 +3 Vv呀！ 2026-03-10 3/150 2026-03-10 22:40 by 剑诗杜康
[考研] 294 英二数二物化 求调剂 +6 米饭团不好吃 2026-03-09 6/300 2026-03-09 23:55 by barlinike
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭