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sichuanemily

木虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】gromacs电荷不为整数 已有5人参与

请问谁知道,做gromacs时,加完溶剂水后,电荷不是整数怎么处理吗,我处理了好几次蛋白没有用,是不是蛋白还是没处理好,还是加的溶剂水不合适,或是没加完整啊,求解答!
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sichuanemily

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by hhwinhuanghe at 2011-04-03 00:09:22:
力场电荷有时会有问题,我遇到过一次,后来查到新的参数把力场参数电荷改了就好了。电荷问题是不会影响pdb2gmx,但是gromacs官网上说如果电荷不为整数,说明有问题,要修正。

我知道应该是有问题 的,但不知如何修正?请问这位虫友是否知道?谢谢
6楼2011-04-08 09:34:01
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come4c

铁虫 (初入文坛)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-27 09:18:16
试试改变链两端的基团,比如原来-ter选的是cooh和nh3 换成coo-和nh2-之类的,还有pdb2gmx时应该加上-ignh命令吧,忽略pdb里的h
2楼2011-03-26 09:49:16
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hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-04-02 14:51:18
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-13 09:22:50
引用回帖:
Originally posted by sichuanemily at 2011-03-22 11:11:27:
请问谁知道,做gromacs时,加完溶剂水后,电荷不是整数怎么处理吗,我处理了好几次蛋白没有用,是不是蛋白还是没处理好,还是加的溶剂水不合适,或是没加完整啊,求解答!

一个可能是你的蛋白却原子,另一个可能是你用的力场电荷参数有些许问题。
3楼2011-04-02 12:37:04
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御剑江湖

荣誉版主 (著名写手)

天池冶海

优秀版主

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-04-04 22:44:13
如果你的原子类型和相应力场原子类型一致的话,pdb2gmx应该是可以进行的,实在不行,手动改top文件!
莫问前尘事,只怜今世缘,承临纵横风,御剑凡尘路,蹉跎浮华,嬉笑洒脱。
4楼2011-04-02 18:50:41
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