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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs计算时原系统带电荷，如何添加离子中和电性？
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lid5251

新虫 (小有名气)

[求助] gromacs计算时原系统带电荷，如何添加离子中和电性？ 已有1人参与

如题，在做gromacs时，提示系统带3个正电荷，怎么添加离子中和电性呢？谢谢各位啦。
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1楼 2013-03-05 09:17:14
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2014-03-17 18:51:57
引用回帖:
6楼: Originally posted by 三木713 at 2014-03-17 14:15:52
大神，我就是按你的方法，，然后报错说

Fatal error:
No such moleculetype NA

这是什么问题啊？？...

这个仍然属于你该仔细读手册的问题：
1、你首先应该看懂gromacs的拓扑文件是什么，
2、你模拟的拓扑文件中有没有加入离子的拓扑
3、你应该去看看你选用的力场中钠离子的分子类型（moleculetype ）
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7楼2014-03-17 14:24:55
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lid5251: 金币+2, ★有帮助 2013-03-05 11:12:03
多看手册
genion 命令即可

例如我要添加46个离子，使用下面的命令：
genion -s em.tpr -o lions.gro -g add_ions.log -pname NA+ -np 46 -p mono.top -random -seed 1993

如果你是初学者，推荐你下载一个GROMACS_MD_Flowchart.pdf
http://ishare.iask.sina.com.cn/f/15271185.html
再把论坛里的入门教程顺着做一遍，你就会很熟悉了。

记得多读手册
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2楼2013-03-05 10:10:07
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lid5251

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-03-05 10:10:07
多看手册
genion 命令即可

例如我要添加46个离子，使用下面的命令：
genion -s em.tpr -o lions.gro -g add_ions.log -pname NA+ -np 46 -p mono.top -random -seed 1993

如果你是初学者，推荐你下载一个G ...

非常感谢，这里是不是需要 add_ions.log这个文件啊，另外-random -seed 1993 是什么意思啊？
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3楼2013-03-05 11:12:56
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by lid5251 at 2013-03-05 11:12:56
非常感谢，这里是不是需要 add_ions.log这个文件啊，另外-random -seed 1993 是什么意思啊？...

呵呵呵，这个属于你应该仔细看手册的问题了。
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4楼2013-03-05 14:10:14
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