应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs计算时原系统带电荷，如何添加离子中和电性？
91/1返回列表
查看: 4320  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

lid5251

新虫 (小有名气)

[求助] gromacs计算时原系统带电荷，如何添加离子中和电性？ 已有1人参与

如题，在做gromacs时，提示系统带3个正电荷，怎么添加离子中和电性呢？谢谢各位啦。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Gromacs

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-03-05 09:17:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lid5251: 金币+2, ★有帮助 2013-03-05 11:12:03
多看手册
genion 命令即可

例如我要添加46个离子，使用下面的命令：
genion -s em.tpr -o lions.gro -g add_ions.log -pname NA+ -np 46 -p mono.top -random -seed 1993

如果你是初学者，推荐你下载一个GROMACS_MD_Flowchart.pdf
http://ishare.iask.sina.com.cn/f/15271185.html
再把论坛里的入门教程顺着做一遍，你就会很熟悉了。

记得多读手册
赞一下 回复此楼
2楼2013-03-05 10:10:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lid5251

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-03-05 10:10:07
多看手册
genion 命令即可

例如我要添加46个离子，使用下面的命令：
genion -s em.tpr -o lions.gro -g add_ions.log -pname NA+ -np 46 -p mono.top -random -seed 1993

如果你是初学者，推荐你下载一个G ...

非常感谢，这里是不是需要 add_ions.log这个文件啊，另外-random -seed 1993 是什么意思啊？
赞一下 回复此楼
3楼2013-03-05 11:12:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by lid5251 at 2013-03-05 11:12:56
非常感谢，这里是不是需要 add_ions.log这个文件啊，另外-random -seed 1993 是什么意思啊？...

呵呵呵，这个属于你应该仔细看手册的问题了。
赞一下 回复此楼
4楼2013-03-05 14:10:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

spirte雷

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-03-06 20:17:01
lid5251: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-03-09 10:15:05
加3个阴离子即可，要用到你上一个命令输出的*.tpr文件。
比如:genion -s  *.tpr -o *_ion.gro -p *.top -pname NA -nname CL -nn 3(如果是阳离子的话用-np)
输入完后会提示你用什么来替代CL离子，选SOL即可(PS.当然不想用自己所模拟的物质来替代CL离子)
赞一下 回复此楼
用心体验就好
5楼2013-03-06 18:17:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

三木713

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-03-05 10:10:07
多看手册
genion 命令即可

例如我要添加46个离子，使用下面的命令：
genion -s em.tpr -o lions.gro -g add_ions.log -pname NA+ -np 46 -p mono.top -random -seed 1993

如果你是初学者，推荐你下载一个G ...

大神，我就是按你的方法，，然后报错说

Fatal error:
No such moleculetype NA

这是什么问题啊？？
赞一下 回复此楼
6楼2014-03-17 14:15:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2014-03-17 18:51:57
引用回帖:
6楼: Originally posted by 三木713 at 2014-03-17 14:15:52
大神，我就是按你的方法，，然后报错说

Fatal error:
No such moleculetype NA

这是什么问题啊？？...

这个仍然属于你该仔细读手册的问题：
1、你首先应该看懂gromacs的拓扑文件是什么，
2、你模拟的拓扑文件中有没有加入离子的拓扑
3、你应该去看看你选用的力场中钠离子的分子类型（moleculetype ）
赞一下 回复此楼
7楼2014-03-17 14:24:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

三木713

新虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-17 18:52:25
引用回帖:
7楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2014-03-17 14:24:55
这个仍然属于你该仔细读手册的问题：
1、你首先应该看懂gromacs的拓扑文件是什么，
2、你模拟的拓扑文件中有没有加入离子的拓扑
3、你应该去看看你选用的力场中钠离子的分子类型（moleculetype ）...

top文件加了ions.itp  
我用的GROMACS96 力场

grompp -f em.mdp -c Ia1.pdb -p Ic.top -o Ia2.tpr   用的这个指令

上一步产生的pdb文件最后是：
ATOM  21370  HW2 SOL  7071      57.482  57.152  58.822  1.00  0.00
ATOM  21371  NA  NA+  7072      12.271  34.321  26.551  1.00  0.00

我之前做蜘蛛肽的 就是这样的步骤的
我不知道那出错了
赞一下 回复此楼
8楼2014-03-17 14:54:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pengbin1992

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 三木713 at 2014-03-17 14:15:52
大神，我就是按你的方法，，然后报错说

Fatal error:
No such moleculetype NA

这是什么问题啊？？...

那是你编写top文件最后一栏molecular时编了NA，或是你小分子的itp文件里分子类型名字和residue残基没对上
赞一下 回复此楼
9楼2016-07-22 20:57:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lid5251 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 3/150 2026-09-14 23:45 by vZfe6xYu34yj
[考博] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 5/250 2026-09-14 23:33 by vZfe6xYu34yj
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 3/150 2026-09-14 23:21 by vZfe6xYu34yj
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 5/250 2026-09-14 23:13 by vZfe6xYu34yj
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 5/250 2026-09-14 22:45 by vZfe6xYu34yj
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 3/150 2026-09-14 22:24 by vZfe6xYu34yj
[找工作] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 5/250 2026-09-14 22:13 by vZfe6xYu34yj
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 5/250 2026-09-14 22:12 by vZfe6xYu34yj
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 5/250 2026-09-14 22:00 by vZfe6xYu34yj
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 4/200 2026-09-14 21:37 by vZfe6xYu34yj
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 7/350 2026-09-14 21:21 by vZfe6xYu34yj
[考博] 上海工程技术大学激光智能制造课题组招收博士研究生 +4 两三岁ss 2026-09-14 4/200 2026-09-14 20:29 by 班主任的同桌
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 4/200 2026-09-14 17:48 by Aj1rhIDL5ixY
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 3/150 2026-09-14 15:09 by Aj1rhIDL5ixY
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 3/150 2026-09-14 14:57 by Aj1rhIDL5ixY
[基金申请] 求教各位大神：2026教育部人文社科青年基金项目何时公示呀？ +5 云宴山人 2026-09-10 7/350 2026-09-14 12:11 by ecnu2013
[考博] 西北工业大学材料学院电化学传感与催化课题组招收2027年推免研究生、博士生、博士后 +3 马方园 2026-09-10 4/200 2026-09-14 09:29 by Chem张zz
[考博] 27秋季材料博士申请求助 10+3 Cahal1 2026-09-11 4/200 2026-09-14 08:50 by 北京莱茵编辑
[教师之家] 浙江师范大学是怎么坑我的 +10 recruit123 2026-09-09 15/750 2026-09-13 10:45 by seaskyy
[基金申请] 面上有专家说实验设备不是我们单位的 +6 zj_muchong 2026-09-08 8/400 2026-09-11 06:56 by suifengdao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭