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doudianzhu

新虫 (初入文坛)

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[求助] gromacs 模拟时如何固定金属离子的问题已有2人参与

gromacs对于带有金属离子的蛋白可以进行模拟，问题在于我该如何固定金属离子，如何不进行固定，模拟之后的pdb文件中金属离子消失了，我应该怎么解决，欢迎各位做相关模拟的小伙伴们指点迷津~

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1楼 2014-01-17 10:26:44

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fangsteel

木虫 (正式写手)

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【答案】应助回帖

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感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-17 13:30:10

应用gromacs中make_ndx命令功能生成index文件，将系统重新分类生成不同的group，可以分别决定原子离子位置是否固定。。。。。

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