应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs模拟离子液体，建立gro文件
61/1返回列表
查看: 2669  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看

雪扬0613

新虫 (初入文坛)

[求助] gromacs模拟离子液体，建立gro文件

想用gromacs模拟离子液体在真空中的行为，自己建立了力场，那么它的系统构型.gro文件应该怎么获得啊？我可以用gaussian建立一个离子液体对的.pdb文件，那么如果我想模拟300个阴、阳离子对的行为，我的.pdb文件需要是300个阴、阳离子的pdb文件吗，还是1个阴、阳离子对的.pdb就好了？另外，.pdb文件中阴、阳离子是要一起建立，还是分开建立阴、阳离子的.pdb文件？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

MDs-Gromacs gromacs xuexijisuan

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-11-08 19:52:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+4): 谢谢 2011-11-29 12:05:34
不知道你的溶液是什么，
1、如果用水的话，正负离子可以用VMD 添加，
  Extensions ——modeling——add ions
自动保存成PDB 和PSF 格式的文件然后再
2、如果你有一个阴阳离子的PDB文件，也可以使用packmol进行建模，packmol简单使用方法搜索一下就出来了，很简单
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-11-28 21:07:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-11-29 12:05:41
jiaoyixiong(金币+2, 模拟EPI+1): 多谢讨论交流 2011-11-29 13:56:52
雪扬0613: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 恩，同意 2012-03-15 15:53:20
引用回帖:
1楼: Originally posted by 雪扬0613 at 2011-11-08 19:52:10:
想用gromacs模拟离子液体在真空中的行为，自己建立了力场，那么它的系统构型.gro文件应该怎么获得啊？我可以用gaussian建立一个离子液体对的.pdb文件，那么如果我想模拟300个阴、阳离子对的行为，我的.pdb文件需要 ...

用MS画好阴阳离子，再用MS的AC模块建立盒子，导出盒子的pdb文件，然后编程转化为gro文件，力场文件估计得自己整，然后include进top文件。。。
赞一下(2人) 回复此楼
好好学习，天天向上。
3楼2011-11-28 21:17:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

0419xuhao

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm(金币+2): 谢谢 2011-12-06 15:27:24
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-14 16:56:39
其实不像楼上那么复杂，gauss优化阴阳离子，然后用gromacs自带的genbox命令，想加多少加多少。editconf可实现pdb和gro文件的相互转换。
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2011-12-06 11:33:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shengxiang

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-14 16:57:02
不赞成zyj8119的做法，正如0419xuhao说的，既然你已经画好了阴阳离子了，并且有了pdb了，为什么不直接将pdb转化为gro（editconf -f **.pdb -o **.gro）呢？然后使用genbox建立盒子、添加一定数目的离子液体就是了~关于力场的话，就必须从文献中找了，找了后自己写好itp文件等久OK了~
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2011-12-14 09:34:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小白如水

铁杆木虫 (小有名气)
到底是直接用gromacs还是用MS好呢？
赞一下 回复此楼
6楼2012-01-04 15:31:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 雪扬0613 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 DpSrDtM079iu 2026-08-22 5/250 2026-08-23 04:07 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 4/200 2026-08-23 04:04 by OEbVnUOu01ol
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 7/350 2026-08-23 03:55 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 5/250 2026-08-23 03:52 by OEbVnUOu01ol
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 9/450 2026-08-23 03:31 by OEbVnUOu01ol
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 DpSrDtM079iu 2026-08-22 3/150 2026-08-23 00:55 by OEbVnUOu01ol
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +11 羊腰板 2026-08-21 11/550 2026-08-22 22:03 by lsbin3733
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办？ +3 简单化xn 2026-08-22 7/350 2026-08-22 19:46 by 简单化xn
[基金申请] 什么时候开奖？ +7 CrisMessi 2026-08-18 8/400 2026-08-22 18:29 by 淀粉搬运工
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +13 ziyangfang 2026-08-19 16/800 2026-08-22 17:08 by WH3796
[教师之家] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 4/200 2026-08-22 16:52 by sunzitan
[基金申请] 人气不行了 +8 fansofjerry 2026-08-21 8/400 2026-08-22 16:30 by zyqchem
[基金申请] 时间戳今天，20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +10 kulium 2026-08-21 13/650 2026-08-21 21:58 by alongwaytogo
[基金申请] 科研孤儿太难了 +17 我4大白菜 2026-08-20 18/900 2026-08-21 20:57 by zhangev
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭