24小时热门版块排行榜

返回列表

本帖产生 1 个模拟EPI ，点击这里进行查看

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

雪扬0613

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 2
帖子: 9
在线: 2.3小时
虫号: 1391342
注册: 2011-09-05
专业: 分离过程

[求助] gromacs模拟离子液体，建立gro文件

想用gromacs模拟离子液体在真空中的行为，自己建立了力场，那么它的系统构型.gro文件应该怎么获得啊？我可以用gaussian建立一个离子液体对的.pdb文件，那么如果我想模拟300个阴、阳离子对的行为，我的.pdb文件需要是300个阴、阳离子的pdb文件吗，还是1个阴、阳离子对的.pdb就好了？另外，.pdb文件中阴、阳离子是要一起建立，还是分开建立阴、阳离子的.pdb文件？

回复此楼

1楼 2011-11-08 19:52:10

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

shengxiang

木虫 (著名写手)

模拟EPI: 1
应助: 33 (小学生)
金币: 804.5
散金: 2572
红花: 9
帖子: 1460
在线: 154小时
虫号: 800854
注册: 2009-06-29
性别: GG
专业: 理论和计算化学

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-14 16:57:02

不赞成zyj8119的做法，正如0419xuhao说的，既然你已经画好了阴阳离子了，并且有了pdb了，为什么不直接将pdb转化为gro（editconf -f **.pdb -o **.gro）呢？然后使用genbox建立盒子、添加一定数目的离子液体就是了~关于力场的话，就必须从文献中找了，找了后自己写好itp文件等久OK了~

赞一下(1人)

回复此楼

5楼2011-12-14 09:34:31

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

查看全部 6 个回答

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

模拟EPI: 6
应助: 487 (硕士)
贵宾: 0.501
金币: 14945
散金: 6107
红花: 74
帖子: 3750
在线: 1129.1小时
虫号: 1108016
注册: 2010-09-26
性别: GG
专业: 流体力学
管辖: 分子模拟

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+4): 谢谢 2011-11-29 12:05:34

不知道你的溶液是什么，
1、如果用水的话，正负离子可以用VMD 添加，
Extensions ——modeling——add ions
自动保存成PDB 和PSF 格式的文件然后再
2、如果你有一个阴阳离子的PDB文件，也可以使用packmol进行建模，packmol简单使用方法搜索一下就出来了，很简单

赞一下(1人)

回复此楼

2楼2011-11-28 21:07:24

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)

模拟EPI: 10
应助: 65 (初中生)
贵宾: 0.003
金币: 915.1
散金: 1440
红花: 35
帖子: 2936
在线: 1329.4小时
虫号: 664177
注册: 2008-11-29
性别: GG
专业: 理论和计算化学

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-11-29 12:05:41
jiaoyixiong(金币+2, 模拟EPI+1): 多谢讨论交流 2011-11-29 13:56:52
雪扬0613: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 恩，同意 2012-03-15 15:53:20

引用回帖:

1楼: Originally posted by 雪扬0613 at 2011-11-08 19:52:10:
想用gromacs模拟离子液体在真空中的行为，自己建立了力场，那么它的系统构型.gro文件应该怎么获得啊？我可以用gaussian建立一个离子液体对的.pdb文件，那么如果我想模拟300个阴、阳离子对的行为，我的.pdb文件需要 ...

用MS画好阴阳离子，再用MS的AC模块建立盒子，导出盒子的pdb文件，然后编程转化为gro文件，力场文件估计得自己整，然后include进top文件。。。

赞一下(2人)

回复此楼

好好学习，天天向上。