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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs模拟离子液体，建立gro文件
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雪扬0613

新虫 (初入文坛)

[求助] gromacs模拟离子液体，建立gro文件

想用gromacs模拟离子液体在真空中的行为，自己建立了力场，那么它的系统构型.gro文件应该怎么获得啊？我可以用gaussian建立一个离子液体对的.pdb文件，那么如果我想模拟300个阴、阳离子对的行为，我的.pdb文件需要是300个阴、阳离子的pdb文件吗，还是1个阴、阳离子对的.pdb就好了？另外，.pdb文件中阴、阳离子是要一起建立，还是分开建立阴、阳离子的.pdb文件？
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1楼 2011-11-08 19:52:10
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zyj8119

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-11-29 12:05:41
jiaoyixiong(金币+2, 模拟EPI+1): 多谢讨论交流 2011-11-29 13:56:52
雪扬0613: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 恩，同意 2012-03-15 15:53:20
引用回帖:
1楼: Originally posted by 雪扬0613 at 2011-11-08 19:52:10:
想用gromacs模拟离子液体在真空中的行为，自己建立了力场，那么它的系统构型.gro文件应该怎么获得啊？我可以用gaussian建立一个离子液体对的.pdb文件，那么如果我想模拟300个阴、阳离子对的行为，我的.pdb文件需要 ...

用MS画好阴阳离子，再用MS的AC模块建立盒子，导出盒子的pdb文件，然后编程转化为gro文件，力场文件估计得自己整，然后include进top文件。。。
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好好学习，天天向上。
3楼2011-11-28 21:17:37
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+4): 谢谢 2011-11-29 12:05:34
不知道你的溶液是什么，
1、如果用水的话，正负离子可以用VMD 添加，
  Extensions ——modeling——add ions
自动保存成PDB 和PSF 格式的文件然后再
2、如果你有一个阴阳离子的PDB文件，也可以使用packmol进行建模，packmol简单使用方法搜索一下就出来了，很简单
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2楼2011-11-28 21:07:24
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0419xuhao

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm(金币+2): 谢谢 2011-12-06 15:27:24
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-14 16:56:39
其实不像楼上那么复杂，gauss优化阴阳离子，然后用gromacs自带的genbox命令，想加多少加多少。editconf可实现pdb和gro文件的相互转换。
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4楼2011-12-06 11:33:11
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shengxiang

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-14 16:57:02
不赞成zyj8119的做法，正如0419xuhao说的，既然你已经画好了阴阳离子了，并且有了pdb了，为什么不直接将pdb转化为gro（editconf -f **.pdb -o **.gro）呢？然后使用genbox建立盒子、添加一定数目的离子液体就是了~关于力场的话，就必须从文献中找了，找了后自己写好itp文件等久OK了~
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5楼2011-12-14 09:34:31
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