| 查看: 1377 | 回复: 3 | |||
zhongyunxia新虫 (小有名气)
|
[求助]
gro文件中最后一行数字意义
|
|
各位大侠，我在文献中下载了pdb和top,再把pdb用editconf -f xx.pdb -o xx.gro 后，gro坐标如下所示 1PLM CAA 1 3.729 2.340 2.430 1PLM CAD 2 3.782 2.485 2.462 1PLM CAE 3 3.905 2.499 2.379 1PLM CAF 4 3.993 2.617 2.401 1PLM CAG 5 4.134 2.576 2.401 1PLM CAH 6 4.218 2.646 2.505 1PLM CAI 7 4.364 2.607 2.495 1PLM CAJ 8 4.461 2.690 2.586 1PLM CAK 9 4.603 2.627 2.581 1PLM CAL 10 4.696 2.715 2.665 1PLM CAM 11 4.841 2.676 2.649 1PLM CAN 12 4.924 2.761 2.746 1PLM CAO 13 4.932 2.908 2.707 1PLM CAP 14 5.009 2.991 2.807 1PLM CAQ 15 4.970 3.136 2.788 1PLM CAR 16 5.067 3.233 2.861 1PLM OAC 17 5.062 3.250 2.983 1PLM OAB 18 5.148 3.294 2.786 6.13720 6.13720 6.13720 因为我是算纯体系，后来用genbox -cp box.gro -cs xx.gro -o b4em.gro 时，建的9 10 9 的盒子只能装入5个残基分子，请问这是怎么回事？跟gro后面的 6.13720 6.13720 6.13720这一排数字有关系吗？若有关系可以把这个数字改动吗？恳请各位大侠指点迷津，感激不尽！ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 gromacs |
» 猜你喜欢
（调剂）一志愿报考哈尔滨工业大学0857资源与环境专业378分考生
已经有4人回复
-
085602调剂 初试总分335
已经有8人回复
-
材料求调剂
已经有8人回复
-
求调剂
已经有7人回复
-
277求调剂
已经有6人回复
-
求调剂
已经有5人回复
-
一志愿 江南大学 085602 化工专硕 338分求调剂
已经有10人回复
-
283求调剂
已经有6人回复
-
一志愿郑州大学085600求调剂
已经有8人回复
-
285求调剂
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 在翟中和院士的 细胞生物学 第三版里面211页 细胞结构组装的意义：百分比的问题
已经有4人回复
- 【跳槽】生物医药学的同仁 想转行到IT的可以来瞅瞅~~
已经有8人回复
- 从cif文件直接导入的晶体可以用于直接计算么
已经有4人回复
- gromacs模拟离子液体，建立gro文件
已经有5人回复
- 【求助】行政管理专业总分352求调剂
已经有10人回复
- 【原创】在gromacs的gro中插入小分子
已经有12人回复
- 【ghcacj个人文集】单机环境下安装openmpi使用Orca并行运算的方法介绍
已经有12人回复
- 拉杆行李箱的密码给弄错了，现在不知道最后的密码是什么吗
已经有29人回复
【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
zhongyunxia(金币+5): ★★★很有帮助 2012-02-17 16:58:59
zhongyunxia(金币+5): ★★★很有帮助 2012-02-17 16:58:59
|
6.13720 6.13720 6.13720 是 xyz 三个方向的周期边长。 修改的时候，使用 editconf -box 即可 http://manual.gromacs.org/online/editconf.html |
2楼2012-02-17 13:50:17
zhongyunxia
新虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 768.4
- 散金: 1
- 帖子: 183
- 在线: 76.6小时
- 虫号: 1338148
- 注册: 2011-07-05
- 专业: 化工热力学和基础数据
3楼2012-02-17 15:26:08
4楼2012-02-17 16:10:13
