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zhongyunxia新虫 (小有名气)
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gro文件中最后一行数字意义
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各位大侠，我在文献中下载了pdb和top,再把pdb用editconf -f xx.pdb -o xx.gro 后，gro坐标如下所示 1PLM CAA 1 3.729 2.340 2.430 1PLM CAD 2 3.782 2.485 2.462 1PLM CAE 3 3.905 2.499 2.379 1PLM CAF 4 3.993 2.617 2.401 1PLM CAG 5 4.134 2.576 2.401 1PLM CAH 6 4.218 2.646 2.505 1PLM CAI 7 4.364 2.607 2.495 1PLM CAJ 8 4.461 2.690 2.586 1PLM CAK 9 4.603 2.627 2.581 1PLM CAL 10 4.696 2.715 2.665 1PLM CAM 11 4.841 2.676 2.649 1PLM CAN 12 4.924 2.761 2.746 1PLM CAO 13 4.932 2.908 2.707 1PLM CAP 14 5.009 2.991 2.807 1PLM CAQ 15 4.970 3.136 2.788 1PLM CAR 16 5.067 3.233 2.861 1PLM OAC 17 5.062 3.250 2.983 1PLM OAB 18 5.148 3.294 2.786 6.13720 6.13720 6.13720 因为我是算纯体系，后来用genbox -cp box.gro -cs xx.gro -o b4em.gro 时，建的9 10 9 的盒子只能装入5个残基分子，请问这是怎么回事？跟gro后面的 6.13720 6.13720 6.13720这一排数字有关系吗？若有关系可以把这个数字改动吗？恳请各位大侠指点迷津，感激不尽！ |
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zhongyunxia(金币+5): ★★★很有帮助 2012-02-17 16:58:59
zhongyunxia(金币+5): ★★★很有帮助 2012-02-17 16:58:59
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6.13720 6.13720 6.13720 是 xyz 三个方向的周期边长。 修改的时候，使用 editconf -box 即可 http://manual.gromacs.org/online/editconf.html |
2楼2012-02-17 13:50:17
zhongyunxia
新虫 (小有名气)
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