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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs模拟离子液体，建立gro文件
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zyj8119

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-11-29 12:05:41
jiaoyixiong(金币+2, 模拟EPI+1): 多谢讨论交流 2011-11-29 13:56:52
雪扬0613: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 恩，同意 2012-03-15 15:53:20
引用回帖:
1楼: Originally posted by 雪扬0613 at 2011-11-08 19:52:10:
想用gromacs模拟离子液体在真空中的行为，自己建立了力场，那么它的系统构型.gro文件应该怎么获得啊？我可以用gaussian建立一个离子液体对的.pdb文件，那么如果我想模拟300个阴、阳离子对的行为，我的.pdb文件需要 ...

用MS画好阴阳离子，再用MS的AC模块建立盒子，导出盒子的pdb文件，然后编程转化为gro文件，力场文件估计得自己整，然后include进top文件。。。
赞一下(2人) 回复此楼
好好学习，天天向上。
3楼2011-11-28 21:17:37
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