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雪扬0613

新虫 (初入文坛)

[求助] gromacs模拟离子液体，建立gro文件

想用gromacs模拟离子液体在真空中的行为，自己建立了力场，那么它的系统构型.gro文件应该怎么获得啊？我可以用gaussian建立一个离子液体对的.pdb文件，那么如果我想模拟300个阴、阳离子对的行为，我的.pdb文件需要是300个阴、阳离子的pdb文件吗，还是1个阴、阳离子对的.pdb就好了？另外，.pdb文件中阴、阳离子是要一起建立，还是分开建立阴、阳离子的.pdb文件？
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1楼 2011-11-08 19:52:10
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+4): 谢谢 2011-11-29 12:05:34
不知道你的溶液是什么，
1、如果用水的话，正负离子可以用VMD 添加，
  Extensions ——modeling——add ions
自动保存成PDB 和PSF 格式的文件然后再
2、如果你有一个阴阳离子的PDB文件，也可以使用packmol进行建模，packmol简单使用方法搜索一下就出来了，很简单
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2楼2011-11-28 21:07:24
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