应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Amber 分子动力学 求助！！！！
111/2返回列表12下一页
查看: 4030  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

超人与小木虫

金虫 (小有名气)

[求助] Amber 分子动力学 求助！！！！

大家好！我用amber软件跑了100ns的动力学模拟，采用周期性边界条件，显性水溶剂模型，之前没有在输入文件中加入iwrap=1这个参数，跑到50ns的时候自动断掉！此时最后一帧构象中有的原子坐标为“****”，导致下一步不能读取.rst文件继续往下计算，（PS：原因是某些原子的坐标跑出了水盒子？？）

加了iwrap=1这个命令后，可以跑完100ns，但是提取最后一帧构象发现，原来的蛋白构象（二聚体）跑散了！！！其中的配体也远离蛋白！！请问一下，这是怎么回事？？这个问题该如何解决？？急死人啊！！跑了很多天才跑完，无语了。。。。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
超人不会飞
1楼 2013-10-14 22:11:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tsingtaobeer

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
首先100ns你觉得有必要么？其次你的蛋白是两段吗？再则小分子跑出去也属于正常啊，结合力不牢

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
2楼2013-10-15 01:24:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

超人与小木虫

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by tsingtaobeer at 2013-10-15 01:24:03
首先100ns你觉得有必要么？其次你的蛋白是两段吗？再则小分子跑出去也属于正常啊，结合力不牢

首先非常感谢你的回复！对于我这个体系，由于是探索二聚体构象变化，100ns已经算是比较少的了。蛋白是二聚体，就算分离也不会变得那么不靠谱。小分子是ATP，与其中一个单体结合非常牢固。是不是在加了iwrap=1这个参数后，需要对轨迹做什么特殊处理？恢复镜像？？
赞一下 回复此楼
超人不会飞
3楼2013-10-15 09:38:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
周期性边界也会跑出盒子？ lz应该把 那50ns的轨迹好好看看再下定论
你做的是高温下的动力学么？ 从来没加过iwrap=1这个选项
分开的原因还是很有可能电荷排斥吧
赞一下 回复此楼
4楼2013-10-15 10:13:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

超人与小木虫

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yaozhq at 2013-10-15 10:13:00
周期性边界也会跑出盒子？ lz应该把 那50ns的轨迹好好看看再下定论
你做的是高温下的动力学么？ 从来没加过iwrap=1这个选项
分开的原因还是很有可能电荷排斥吧

的确采用的周期性边界条件，50ns后的rst文件中出现了*****，查了其他人遇到的问题，有人回复说是某些原子坐标超出盒子范围了。我模拟温度是343K，不加iwrap=1这个参数，二聚体不会分开。加了之后，可以继续跑，但我疯了。。。。。
赞一下 回复此楼
超人不会飞
5楼2013-10-15 11:35:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lccbat

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
iwrap=1应该不会对模拟结果有很大影响。需要确定的是在提取构象的时候，有没有把分子先影射到原始的盒子中。考虑到模拟的温度很高，二聚体分开也算正常。
赞一下 回复此楼
6楼2013-10-16 02:46:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

超人与小木虫

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by lccbat at 2013-10-16 02:46:28
iwrap=1应该不会对模拟结果有很大影响。需要确定的是在提取构象的时候，有没有把分子先影射到原始的盒子中。考虑到模拟的温度很高，二聚体分开也算正常。

好的，非常感谢！！
回复此楼
超人不会飞
7楼2013-10-16 09:53:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

1054950560

金虫 (正式写手)
楼主跑二聚体和小分子结合就要跑100ns，那我跑蛋白质蛋白质结合的那不是得好几百ns，我去，疯了
赞一下 回复此楼
努力就会有回报，不管是好的还是坏的
8楼2013-10-21 15:59:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

超人与小木虫

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 1054950560 at 2013-10-21 15:59:09
楼主跑二聚体和小分子结合就要跑100ns，那我跑蛋白质蛋白质结合的那不是得好几百ns，我去，疯了

呵呵，这个不一定！我的小分子是ATP，主要想观察ATP的水解对蛋白构象的影响，所以时间必须长啊！如果你的研究目的不是这个，应该就不需要这么长时间的了。。。。根据自己的研究目的，加上参考文献来定吧。
赞一下 回复此楼
超人不会飞
9楼2013-10-21 16:46:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

1054950560

金虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 超人与小木虫 at 2013-10-21 16:46:11
呵呵，这个不一定！我的小分子是ATP，主要想观察ATP的水解对蛋白构象的影响，所以时间必须长啊！如果你的研究目的不是这个，应该就不需要这么长时间的了。。。。根据自己的研究目的，加上参考文献来定吧。...

关键的是我这个没有文献报道，是头一次研究，哎命苦啊
赞一下 回复此楼
努力就会有回报，不管是好的还是坏的
10楼2013-10-21 19:52:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 超人与小木虫 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +4 khieu8v8m0 2026-02-22 4/200 2026-02-23 06:46 by jsjzfl
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +3 8rmuugja8q 2026-02-22 6/300 2026-02-23 06:39 by w4l55oybr1
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +4 khieu8v8m0 2026-02-22 5/250 2026-02-23 06:34 by w4l55oybr1
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +3 khieu8v8m0 2026-02-22 5/250 2026-02-23 06:29 by w4l55oybr1
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +4 khieu8v8m0 2026-02-22 8/400 2026-02-23 06:24 by w4l55oybr1
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +6 3dfhjxgsh7 2026-02-22 8/400 2026-02-23 06:21 by w4l55oybr1
[考研] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +4 usprnugpzw 2026-02-21 10/500 2026-02-23 04:58 by 5jlh3qtdvx
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +3 khieu8v8m0 2026-02-22 6/300 2026-02-23 02:08 by 5jlh3qtdvx
[考博] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +5 3dfhjxgsh7 2026-02-22 6/300 2026-02-23 02:04 by 5jlh3qtdvx
[教师之家] 版面费该交吗 +7 苹果在哪里 2026-02-22 8/400 2026-02-22 22:37 by otani
[基金申请] 基金正文30页指的是报告正文还是整个申请书 +5 successhe 2026-02-16 6/300 2026-02-22 21:38 by 山西悬空寺空悬�
[基金申请] 面上可以超过30页吧？ +4 阿拉贡aragon 2026-02-22 4/200 2026-02-22 21:22 by 山西悬空寺空悬�
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +4 usprnugpzw 2026-02-21 6/300 2026-02-22 19:48 by w89i99eaeh
[考研] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +3 3dfhjxgsh7 2026-02-22 4/200 2026-02-22 16:52 by khieu8v8m0
[找工作] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +3 usprnugpzw 2026-02-22 3/150 2026-02-22 16:37 by khieu8v8m0
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +3 usprnugpzw 2026-02-21 4/200 2026-02-22 16:27 by khieu8v8m0
[基金申请] “人文社科而论，许多学术研究还没有达到民国时期的水平” +4 苏东坡二世 2026-02-18 5/250 2026-02-22 16:07 by liangep1573
[基金申请] 什么是人一生最重要的？ +4 瞬息宇宙 2026-02-21 4/200 2026-02-22 11:44 by huagongfeihu
[基金申请] 今年春晚有几个节目很不错，点赞！ +11 瞬息宇宙 2026-02-16 12/600 2026-02-21 21:14 by lq493392203
[基金申请] 体制内长辈说体制内绝大部分一辈子在底层，如同你们一样大部分普通教师忙且收入低 +9 瞬息宇宙 2026-02-20 12/600 2026-02-21 10:39 by 欢乐颂叶蓁
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭