| 查看: 4033 | 回复: 10 | ||
[求助]
Amber 分子动力学 求助！！！！
|
|
大家好！我用amber软件跑了100ns的动力学模拟，采用周期性边界条件，显性水溶剂模型，之前没有在输入文件中加入iwrap=1这个参数，跑到50ns的时候自动断掉！此时最后一帧构象中有的原子坐标为“****”，导致下一步不能读取.rst文件继续往下计算，（PS：原因是某些原子的坐标跑出了水盒子？？） 加了iwrap=1这个命令后，可以跑完100ns，但是提取最后一帧构象发现，原来的蛋白构象（二聚体）跑散了！！！其中的配体也远离蛋白！！请问一下，这是怎么回事？？这个问题该如何解决？？急死人啊！！跑了很多天才跑完，无语了。。。。 |
回复此楼» 猜你喜欢
308求调剂
已经有4人回复
-
NSFC申报书里申请人简历中代表性论著还需要在申报书最后的附件里面再上传一遍吗
已经有14人回复
-
材料与化工一志愿南昌大学327求调剂推荐
已经有6人回复
-
化学调剂0703
已经有7人回复
-
327求调剂
已经有11人回复
-
调剂
已经有8人回复
-
梁成伟老师课题组欢迎你的加入
已经有7人回复
-
伙伴们，祝我生日快乐吧
已经有24人回复
-
中科院材料273求调剂
已经有3人回复
-
材料工程专硕274一志愿211求调剂
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 分子动力学模拟力场
已经有13人回复
- 用amber模拟γ-CD
已经有6人回复
- 活性中心含双铜的蛋白酶的分子动力学模拟（Amber）
已经有6人回复
- 求助：蛋白质对接 分子动力学
已经有10人回复
- 关于amber动力学模拟中MM/GBSA的问题
已经有7人回复
- 有没有人用Amber做过膜蛋白动力学模拟
已经有14人回复
- gromacs 运行pdb2gmx中出错，pdb2gmx: error while loading shared libraries
已经有3人回复
- AMBER中qm/mm的问题
已经有5人回复
- 【转帖】用Amber+Gaussian做小分子力场
已经有16人回复
- 【求助】关于RMSD的计算
已经有4人回复
- 【求助】Amber中水分子的问题
已经有4人回复
- 【求助】量子化学方法求amber力场参数
已经有10人回复
- 【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多吗？如何选择？
已经有7人回复
- 【原创】分子对接，同源模建，分子动力学软件介绍帖
已经有35人回复
- 【求助】amber功能探讨
已经有9人回复
- 【求助】打算从amber学起
已经有16人回复
- 【共享】推荐一篇关于膜蛋白动力学的综述
已经有7人回复
tsingtaobeer
新虫 (著名写手)
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 700.9
- 散金: 1104
- 红花: 6
- 帖子: 1039
- 在线: 201.6小时
- 虫号: 1030055
- 注册: 2010-05-27
- 专业: 有机合成
2楼2013-10-15 01:24:03
3楼2013-10-15 09:38:30
yaozhq
金虫 (小有名气)
- 应助: 126 (高中生)
- 金币: 1137.8
- 红花: 7
- 帖子: 260
- 在线: 37.6小时
- 虫号: 1475454
- 注册: 2011-11-04
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
4楼2013-10-15 10:13:00
5楼2013-10-15 11:35:10
6楼2013-10-16 02:46:28
7楼2013-10-16 09:53:01
1054950560
金虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1338.7
- 散金: 25
- 红花: 7
- 帖子: 327
- 在线: 138.2小时
- 虫号: 1658658
- 注册: 2012-03-02
- 性别: GG
- 专业: 药物化学
8楼2013-10-21 15:59:09
9楼2013-10-21 16:46:11
1054950560
金虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1338.7
- 散金: 25
- 红花: 7
- 帖子: 327
- 在线: 138.2小时
- 虫号: 1658658
- 注册: 2012-03-02
- 性别: GG
- 专业: 药物化学
10楼2013-10-21 19:52:43
