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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » AMBER中qm/mm的问题
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量化新手

新虫 (正式写手)

[求助] AMBER中qm/mm的问题

amber中qm/mm的计算，qm是量子化学的方法，这里面的量子化学方法是可以计算所有gaussian里的东西吗？比如说键长，键角，能量，频率等等！！结果怎么读取啊？那个教程里只是把经典的mm和qm/mm的结果最开始的2步比较了一下，说明qm/mm中不包含的项，但是其他结果怎么读去啊？？望大虾指教~~~感激涕零~~~
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1楼 2011-06-24 15:41:57
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-06-25 10:22:47
量化新手(金币+10): 2011-07-14 09:15:24
应该不能完全计算gaussian的内容，因为amber里的QM/MM，其实是QM/MM MD，本质上还是MD，只是QM部分的力是用了半经验的方法计算的（可能不准确，具体的去看manual吧，sorry）。
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2楼2011-06-24 22:50:58
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-06-29 10:51:00
另外，你从贴出来的结果看，TEMP过高，而且还在波动，这个要小心！
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3楼2011-06-24 22:52:29
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量化新手

新虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yyuan8658 at 2011-06-24 22:50:58:
应该不能完全计算gaussian的内容，因为amber里的QM/MM，其实是QM/MM MD，本质上还是MD，只是QM部分的力是用了半经验的方法计算的（可能不准确，具体的去看manual吧，sorry）。

好吧，现在我只想先把怎么读取结果的方法找到，不准确这个问题暂时不管吧，因为我也知道应该不是很准确，毕竟是半经验的，有人说用pupil将gaussian和amber10联用，这样就可以用gaussian软件来做qm部分了，但是还没查到是否可以用DFT方法。那个温度是最开始的温度，最后的时候会降下来，但整体都会稍高于设定温度300k，还不知道是怎么回事，教程里也不解释
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4楼2011-06-25 09:17:24
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-06-29 10:51:12
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-06-29 10:51:21
内容已删除
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5楼2011-06-29 06:34:10
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量化新手

新虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yyuan8658 at 2011-06-29 06:34:10:
网上有很多可以把量化软件和MD软件连起来做QM/MM的接口

恩，好的，谢谢你热心的帮助
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6楼2011-06-29 08:49:33
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