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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » [求助]QM/MM联用
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量化新手

新虫 (正式写手)

[求助] [求助]QM/MM联用

请教各位大虾：有没有人用过QM/MM方法啊（例如：高斯+AMBER连用），那两个的界限是怎么确定的，就是用QM方法的及原子到哪里结束（文献中貌似是包含催化活性部分），在运算的时候这两部分是怎么分开计算的，也就是说，在对QM部分进行QM计算的时候，MM部分是怎么处理的，反之亦然！！
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小蜗牛8728

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1楼 2011-06-15 09:45:26
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hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-07-04 12:59:17
量化新手(金币+2): 2011-07-14 09:16:15
引用回帖:
Originally posted by 量化新手 at 2011-06-15 09:45:26:
请教各位大虾：有没有人用过QM/MM方法啊（例如：高斯+AMBER连用），那两个的界限是怎么确定的，就是用QM方法的及原子到哪里结束（文献中貌似是包含催化活性部分），在运算的时候这两部分是怎么分开计算的，也就是 ...

gromacs通过加入虚原子定义边界。
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2楼2011-07-04 04:45:11
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量化新手

新虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by hhwinhuanghe at 2011-07-04 04:45:11:
gromacs通过加入虚原子定义边界。

~~~~(>_<~~~~ ，可是我用的是amber啊
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3楼2011-07-05 09:27:36
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yongleli

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-07-05 13:35:31
量化新手(金币+2): 2011-07-14 09:16:20
引用回帖:
Originally posted by 量化新手 at 2011-07-05 09:27:36:
~~~~(>_<~~~~ ，可是我用的是amber啊

Gaussian-AMBER联用好像可以用一个接口程序搞？
没有现成的程序干这个事。
AMBER里的QM/MM是用mopac或者DFTB做的。
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4楼2011-07-05 12:19:16
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量化新手

新虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yongleli at 2011-07-05 12:19:16:
Gaussian-AMBER联用好像可以用一个接口程序搞？
没有现成的程序干这个事。
AMBER里的QM/MM是用mopac或者DFTB做的。

大侠们，有没有直接只是用amber来做qm/mm的，那样是不是很不靠谱哦。其实我在分子模拟论坛上找到一个pupil可以将二者联起来，但目前还没用到。目前其实还在学习amber中的qm/mm。还要读更多的文献看看qm/mm的功能是什么，能干些什么事有大侠知道的课提供给小妹参考，谢谢
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5楼2011-07-06 09:19:43
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yongleli

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-07-07 15:47:47
引用回帖:
Originally posted by 量化新手 at 2011-07-06 09:19:43:
大侠们，有没有直接只是用amber来做qm/mm的，那样是不是很不靠谱哦。其实我在分子模拟论坛上找到一个pupil可以将二者联起来，但目前还没用到。目前其实还在学习amber中的qm/mm。还要读更多的文献看看qm/mm的功 ...

www.ambermd.org
tutorial选项

可以参考。
每个教程都是一个做完的课题。
其中qm/mm MD有两个例子。
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6楼2011-07-06 18:18:48
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量化新手

新虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yongleli at 2011-07-06 18:18:48:
www.ambermd.org
tutorial选项

可以参考。
每个教程都是一个做完的课题。
其中qm/mm MD有两个例子。

非常感谢
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7楼2011-07-07 08:51:17
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量化新手

新虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yongleli at 2011-07-06 18:18:48:
www.ambermd.org
tutorial选项

可以参考。
每个教程都是一个做完的课题。
其中qm/mm MD有两个例子。

唉，这个教程我有的，就是按照上面一步一步完成的，太简单了，做完后发现做其他的仍然不会，最后的结果那样比较一下有什么用，
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8楼2011-07-07 08:56:59
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匿名

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9楼2011-08-31 10:36:25
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chenhang07

金虫 (正式写手)
我也想学MM/QM 但不知道如何入手呢？
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10楼2011-09-02 09:00:50
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