Originally posted by 量化新手 at 2011-06-15 09:45:26:
请教各位大虾：有没有人用过QM/MM方法啊（例如：高斯+AMBER连用），那两个的界限是怎么确定的，就是用QM方法的及原子到哪里结束（文献中貌似是包含催化活性部分），在运算的时候这两部分是怎么分开计算的，也就是 ...

Originally posted by hhwinhuanghe at 2011-07-04 04:45:11:
gromacs通过加入虚原子定义边界。

Originally posted by 量化新手 at 2011-07-05 09:27:36:
~~~~(>_<~~~~ ，可是我用的是amber啊

Originally posted by yongleli at 2011-07-05 12:19:16:
Gaussian-AMBER联用好像可以用一个接口程序搞？
没有现成的程序干这个事。
AMBER里的QM/MM是用mopac或者DFTB做的。

Originally posted by 量化新手 at 2011-07-06 09:19:43:
大侠们，有没有直接只是用amber来做qm/mm的，那样是不是很不靠谱哦。其实我在分子模拟论坛上找到一个pupil可以将二者联起来，但目前还没用到。目前其实还在学习amber中的qm/mm。还要读更多的文献看看qm/mm的功 ...

Originally posted by yongleli at 2011-07-06 18:18:48:
www.ambermd.org
tutorial选项

可以参考。
每个教程都是一个做完的课题。
其中qm/mm MD有两个例子。

Originally posted by yongleli at 2011-07-06 18:18:48:
www.ambermd.org
tutorial选项

可以参考。
每个教程都是一个做完的课题。
其中qm/mm MD有两个例子。