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量化新手

新虫 (正式写手)

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[求助] [求助]QM/MM联用

请教各位大虾：有没有人用过QM/MM方法啊（例如：高斯+AMBER连用），那两个的界限是怎么确定的，就是用QM方法的及原子到哪里结束（文献中貌似是包含催化活性部分），在运算的时候这两部分是怎么分开计算的，也就是说，在对QM部分进行QM计算的时候，MM部分是怎么处理的，反之亦然！！

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新手上路，请多关照

1楼 2011-06-15 09:45:26

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量化新手

新虫 (正式写手)

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引用回帖:

Originally posted by yongleli at 2011-07-06 18:18:48:
www.ambermd.org
tutorial选项

可以参考。
每个教程都是一个做完的课题。
其中qm/mm MD有两个例子。

非常感谢

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7楼2011-07-07 08:51:17

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hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)

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【答案】应助回帖

★
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-07-04 12:59:17
量化新手(金币+2): 2011-07-14 09:16:15

引用回帖:

Originally posted by 量化新手 at 2011-06-15 09:45:26:
请教各位大虾：有没有人用过QM/MM方法啊（例如：高斯+AMBER连用），那两个的界限是怎么确定的，就是用QM方法的及原子到哪里结束（文献中貌似是包含催化活性部分），在运算的时候这两部分是怎么分开计算的，也就是 ...

gromacs通过加入虚原子定义边界。