应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » [求助]QM/MM联用
51/1返回列表
查看: 2468  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

量化新手

新虫 (正式写手)

[求助] [求助]QM/MM联用

请教各位大虾：有没有人用过QM/MM方法啊（例如：高斯+AMBER连用），那两个的界限是怎么确定的，就是用QM方法的及原子到哪里结束（文献中貌似是包含催化活性部分），在运算的时候这两部分是怎么分开计算的，也就是说，在对QM部分进行QM计算的时候，MM部分是怎么处理的，反之亦然！！
回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

小蜗牛8728

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
新手上路，请多关照
1楼 2011-06-15 09:45:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

量化新手

新虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yongleli at 2011-07-06 18:18:48:
www.ambermd.org
tutorial选项

可以参考。
每个教程都是一个做完的课题。
其中qm/mm MD有两个例子。

唉，这个教程我有的，就是按照上面一步一步完成的，太简单了，做完后发现做其他的仍然不会，最后的结果那样比较一下有什么用，
赞一下 回复此楼
新手上路，请多关照
8楼2011-07-07 08:56:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-07-04 12:59:17
量化新手(金币+2): 2011-07-14 09:16:15
引用回帖:
Originally posted by 量化新手 at 2011-06-15 09:45:26:
请教各位大虾：有没有人用过QM/MM方法啊（例如：高斯+AMBER连用），那两个的界限是怎么确定的，就是用QM方法的及原子到哪里结束（文献中貌似是包含催化活性部分），在运算的时候这两部分是怎么分开计算的，也就是 ...

gromacs通过加入虚原子定义边界。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-07-04 04:45:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

量化新手

新虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by hhwinhuanghe at 2011-07-04 04:45:11:
gromacs通过加入虚原子定义边界。

~~~~(>_<~~~~ ，可是我用的是amber啊
赞一下 回复此楼
新手上路，请多关照
3楼2011-07-05 09:27:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yongleli

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-07-05 13:35:31
量化新手(金币+2): 2011-07-14 09:16:20
引用回帖:
Originally posted by 量化新手 at 2011-07-05 09:27:36:
~~~~(>_<~~~~ ，可是我用的是amber啊

Gaussian-AMBER联用好像可以用一个接口程序搞？
没有现成的程序干这个事。
AMBER里的QM/MM是用mopac或者DFTB做的。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-07-05 12:19:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 27博士 +5 锦鲤送福至 2026-11-10 5/250 2026-11-13 06:22 by wlf1982
[考博] 博士申请 +4 z_l_l_666 2026-11-06 4/200 2026-11-13 06:19 by wlf1982
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 TgvkbZZl9tqB 2026-11-11 4/200 2026-11-12 12:51 by ECLTXnJnRSXf
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 TgvkbZZl9tqB 2026-11-11 4/200 2026-11-12 12:28 by ECLTXnJnRSXf
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-11 5/250 2026-11-12 11:44 by HajghKOMynmz
[基金申请] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 7/350 2026-11-12 11:33 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +5 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 8/400 2026-11-12 11:22 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 4/200 2026-11-12 11:22 by HajghKOMynmz
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 5/250 2026-11-12 10:38 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 FChKX8meu1ds 2026-11-09 10/500 2026-11-12 09:52 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +7 0TEMgxdT1eIw 2026-11-09 9/450 2026-11-12 09:24 by HajghKOMynmz
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 8/400 2026-11-12 09:13 by HajghKOMynmz
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 7/350 2026-11-12 05:30 by 9fOTqj074tIg
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 FChKX8meu1ds 2026-11-09 8/400 2026-11-12 05:30 by 9fOTqj074tIg
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 FChKX8meu1ds 2026-11-09 9/450 2026-11-12 05:19 by 9fOTqj074tIg
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 0TEMgxdT1eIw 2026-11-09 8/400 2026-11-12 05:00 by 9fOTqj074tIg
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 9/450 2026-11-12 04:57 by 9fOTqj074tIg
[文学芳草园] 厉娜 +3 张丹枫1991 2026-11-09 5/250 2026-11-09 16:53 by 张丹枫1991
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 8/400 2026-11-09 00:14 by l48hFd8Nwae2
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 8/400 2026-11-08 23:01 by l48hFd8Nwae2
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭