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量化新手

新虫 (正式写手)

[求助] AMBER中qm/mm的问题

amber中qm/mm的计算,qm是量子化学的方法,这里面的量子化学方法是可以计算所有gaussian里的东西吗?比如说键长,键角,能量,频率等等!!结果怎么读取啊?那个教程里只是把经典的mm和qm/mm的结果最开始的2步比较了一下,说明qm/mm中不包含的项,但是其他结果怎么读去啊??望大虾指教~~~感激涕零~~~
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-06-25 10:22:47
量化新手(金币+10): 2011-07-14 09:15:24
应该不能完全计算gaussian的内容,因为amber里的QM/MM,其实是QM/MM MD,本质上还是MD,只是QM部分的力是用了半经验的方法计算的(可能不准确,具体的去看manual吧,sorry)。
2楼2011-06-24 22:50:58
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-06-29 10:51:00
另外,你从贴出来的结果看,TEMP过高,而且还在波动,这个要小心!
3楼2011-06-24 22:52:29
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量化新手

新虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by yyuan8658 at 2011-06-24 22:50:58:
应该不能完全计算gaussian的内容,因为amber里的QM/MM,其实是QM/MM MD,本质上还是MD,只是QM部分的力是用了半经验的方法计算的(可能不准确,具体的去看manual吧,sorry)。

好吧,现在我只想先把怎么读取结果的方法找到,不准确这个问题暂时不管吧,因为我也知道应该不是很准确,毕竟是半经验的,有人说用pupil将gaussian和amber10联用,这样就可以用gaussian软件来做qm部分了,但是还没查到是否可以用DFT方法。那个温度是最开始的温度,最后的时候会降下来,但整体都会稍高于设定温度300k,还不知道是怎么回事,教程里也不解释
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4楼2011-06-25 09:17:24
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-06-29 10:51:12
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-06-29 10:51:21
内容已删除
5楼2011-06-29 06:34:10
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量化新手

新虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by yyuan8658 at 2011-06-29 06:34:10:
网上有很多可以把量化软件和MD软件连起来做QM/MM的接口

恩,好的,谢谢你热心的帮助
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6楼2011-06-29 08:49:33
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