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tingjun

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】Amber中水分子的问题 已有2人参与

水分子在动力学模拟过程中起着重要的作用,在好多文献中都会考虑水分子的相互作用,那么,对于水分子的具体分析是怎么进行的啊?是用到聚类吗,应该怎样做,还是用VMD进行分析的?希望高手指教!
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ferlich

禁虫 (小有名气)

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zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-12-20 22:17:40
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2楼2010-12-20 17:07:02
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tingjun

木虫 (小有名气)

比如,通过晶体结构可以知道某几个水分子对于结合起到重要的作用,我想通过动力学模拟来研究水分子对于结合的作用,那么在模拟的过程中怎么才能知道是哪个水分子一直在结合位置处。也就是模拟结束后怎么看到这些水分子在模拟过程中的分布情况。需要怎么分析
3楼2010-12-22 09:27:16
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ferlich

禁虫 (小有名气)

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zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-12-25 22:58:43
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4楼2010-12-23 16:52:18
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tingjun

木虫 (小有名气)

谢谢你!
5楼2011-01-10 09:35:56
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